生信小技巧：实用的命令(3)

.bashrc中实用的aliases设置

设置好一套方便的.bashrc中aliases的命令会使你使用linux系统时候更加得心应手，更加高效，下面给大家分享一些比较好用的例子。

快速返回上几层的文件夹的位置:

alias ..='cd ..'
alias ...='cd ../../'
alias ....='cd ../../../'
alias .....='cd ../../../../'
alias ......='cd ../../../../../'

这样的话就不需要每次都要打长长的cd ../../../,只要输入....即可

清除当前的界面，返回上一个所在的文件夹，并且查看所有的文件:

alias backls='clear; cd -; ls -lhGgo'

在文件覆盖时候，或者删除文件的时候向你询问允许:

alias mv="mv -i"
alias cp="cp -i"  
alias rm="rm -i"

这个命令会让你安全的覆盖删除文件，而不会不小心删掉重要的文件，特别是使用 rm *的时候。

切割以空格或者逗号分隔的文件：(cut 的default 切割是以tab来切的）

alias cuts="cut -d \" \""
alias cutc="cut -d \",\""

解压或者压缩.gz文件

alias tarup="tar -zcf"
alias tardown="tar -zxf"

建立一个文件夹，然后cd进去里面

#这里使用一个自己写的function
function mcd { mkdir -p "$1" && cd "$1";}

让你grep更加漂亮一点(hightlight 出需要寻找的内容）

alias grep="grep --color=auto"

更新你的.bashrc 还有修改你的.bashrc文件

##每次修改完需要更新一下.bashrc，修改过的内容才会奏效
alias refresh="source ~/.bashrc"

alias eb="vi ~/.bashrc"

更好的展示当前$PATH的变量内容

alias showpath='echo $PATH | tr ":" "\n" | nl'

杂七杂八常用的命令

快速运行上一个命令:

!!
#或者将其保存输出到一个文件中
echo "!!" > foo.sh

当你在输入一个命令时，你需要中途终止这个命令去做一些其他查看(例如ls *.txt)，然后再返回继续你的输入：

#假如我想输入fastqc A_1.fastq,当我输完fastqc时，我需要去检查一下哪个 fastq文件是我想处理的

#这时候终端会保存你输入的fastqc，返回新的一行给你输入新的命令
ls *fastq

#这时候终端会返回你刚刚输入fastqc的命令，然后你可以继续操作

反向查看/删除文件:

#查看文件夹中不是以gz结尾的文件
ls !(*.gz)
删除不是以foo或者bar结尾的文件
rm !(*.foo|*.bar)

只输出文件中特定行

sed -n 42p file.txt

移除文件中空白行并输出到心得文件中:

grep . filename > newfilename

查看大的文件(例如500M以上）

find . -type f -size +500M

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最后就是给大家下载好的，上次给大家推荐STA 199: Intro to Data Science课程中的一些视频。

链接：https://pan.baidu.com/s/18y3Nzi0n0hqk7bQiPxOXgA
密码：3yhj