今天在使用CMplot画曼哈顿图时遇到一个bug：
Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pvalueT > 1) != 0) stop("p values should be at range of (0, 1).") :
missing value where TRUE/FALSE needed
> pmap <- read.csv("pmap.csv")
> CMplot(pmap, threshold = threshold, amplify = F, memo = "", file = "tiff", plot.type=c("m","q"))
Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pvalueT > 1) != 0) stop("p values should be at range of (0, 1).") :
missing value where TRUE/FALSE needed
看字面的意思是p值需要在（0-1）之间，去检查了原始数据，没有在范围外的，猜想可能是最近换了电脑，R版本的问题。回到旧电脑，R版本4.0.4，画图没有报错。新电脑R版本4.2.0报错，更换到4.0.4依旧报错。那只能猜想是CMplot版本的问题。
查看旧电脑中CMplot版本，Version：3.6.2
DESCRIPTION_old
查看新电脑中CMplot版本，Version：4.0.0
DESCRIPTION_new
果然，可以确定是CMplot版本的问题了，随后解决问题。
1.检查数据：
> any(is.na(pmap))
[1] TRUE
存在缺失值
2.删除缺失值所在行
> pmap<-na.omit(pmap)
3.再次检查数据
> any(is.na(pmap))
[1] FALSE
4.重新绘图
> CMplot(pmap, threshold = threshold, amplify = F, memo = "", file = "tiff", plot.type=c("m","q"))
绘图成功~~
总结：2022-01-13之后下载的CMplot不支持数据中有缺失值，需要剔除再进行绘图。
如果有遇到相同问题的小伙伴，希望我今天踩的坑，可以帮到你们！
引用转载请注明出处，如有错误敬请指出。