曼哈顿图画法

在做GWAS的时候，曼哈顿图的绘制是非常重要的一步，本次介绍利用qqman进行曼哈顿图的绘制

1. qqman()

利用qqman的测试数据

# 倒入模块
library(qqman)
## 查看测试数据
data(package=“qqman”)

共有两个测试数据

• gwasResults. gwas的数据
• snpsOfInterest 需要高亮的位点

> head(gwasResults)
  SNP CHR BP         P
1 rs1   1  1 0.9148060
2 rs2   1  2 0.9370754
3 rs3   1  3 0.2861395
4 rs4   1  4 0.8304476
5 rs5   1  5 0.6417455
6 rs6   1  6 0.5190959
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> head(gwasResults)
  SNP CHR BP         P
1 rs1   1  1 0.9148060
2 rs2   1  2 0.9370754
3 rs3   1  3 0.2861395
4 rs4   1  4 0.8304476
5 rs5   1  5 0.6417455
6 rs6   1  6 0.5190959

绘图

## 参数说明
x: 输入数据

col: 定义x轴染色体的颜色　

chrlabs：自定义染色体标号

suggestiveline: 添加一条横线，默认值是－log10(1e－5)

genomewideline: 添加一条横线，默认值是－log10(5e－10)

highlight: 需要标亮的snp位点

用法：
Manhattan(gwasResults)

得到如下图片

添加颜色，高亮标记

manhattan(gwasResults,highlight = snpsOfInterest,col=c("#A4D3EE","#DDA0DD"))

得到如下图片

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