Peng_001
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通过Bisogenet 实现蛋白互作研究

  • 这个借助的是cytospace中内建的程序
    一共需要安装两个Bisogenet与cytoNCA插件
    前者提供数据库信息，后者提供网络化构图后节点的属性信息。

均在apps 栏目下。



可见内置了超级多的插件，看来能做的事情也是相当之多。厉害。

安装好了插件，我们尝试利用它来创建网络



输入测试基因列，并选择基因类型，人源，蛋白相互作用。



可能需要跑很长时间～

跑的过程需要联网
我只跑了5个基因 竟然。。。



好多啊

接着导入疾病靶点
顺利会师～


通过merge 选项获得网络交集


将获得的merge 表格导出到excel分析


根据degree 进行初步筛选，选择degree 大于中位数的节点。


将筛选出的结果在cytospace中选择出来


建立到新的图表中


BetweennessCentrality，ClosenessCentrality，Degree 数值越大越重要
AverageShortestPathLength 越小越重要

一般流程是，先通过degree 筛选，再接着Betweenness，closeness，接着LAC，NeighborhoodConnectivity。直到认为数值满意。（比如100以下个nodes）

可以通过逐步筛选+颜色标记的方式，逐步过滤出核心内容。


红色为degree 筛选后结果，蓝色为最终筛选结果



均大于其中位数数值


在布局中通过节点调整工具聚拢hub_node


两幅图的展示


最终在文章中展示可以做成这样的图


截取自誉川中医药

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