2个Chip-seq样本差异peak分析

因为我上面的样本是CK和treatment的，所以需要发现2个样本之间的差异peak。

对于差异的peak我依旧用的是MACS2里面的bdgdiff包。

具体命令如下：

macs2 bdgdiff --t1 BZU2_treat_pileup.bdg --c1 BZU2_control_lambda.bdg --t2 CK_treat_pileup.bdg --c2 CK_control_lambda.bdg -l 120 --d1 4191608 --d2 3233028 --o-prefix BZU2_CK

其中：--t1, --c1, --t2, --c2是运行MACS2 callpeak时候的中间结果。

--d1 --d2是运行macs callpeak过程中的输出中间结果。

MACS2 callpeak输出结果

然后运行结束会有三个文件：

macs2 bdgdiff输出文件

其中：common文件输出的是2个peak中没有显著差异的peak；cond1是前面上调的peak；反之，cond2是下调的peak；

文件中最后一列用来衡量peak之间的差异程度。