转录本的bed文件下载

从UCSC下载的ref.bed：

mammal-mouse-GRCm38/mm10-genes and gene predictions-gencode XX-basic-genome-BED-gzip-gte output

一共下载了5个files：

大小

du

行数：

wc

head:

一样

# 验证下bed是否和ensembl搭配：

选择3个转录本

1-ok

2-ok

3-ok

随机1

随机2

结论：与ensembl相同

后来注意到：

选择全面看看

在UCSC中下载

查看

结论：comprehensive比basic全面，更多！

去掉id后的版本号：

awk 'BEGIN{OFS="\t"} {gsub(/.[0-9]$/,"",$4); print $0}' mm10.gencode-vm18.compre.bed > mm10.gencode-vm18.compre.fine.bed

## geneid和genename关系下载：

第一步

第二步

点击get output:

good!

法二：

RSeQC网站下载：https://sourceforge.net/projects/rseqc/files/

查

下载ref：RseQC的bedfiles下载 -