JBrowse基因组浏览器1-安装步骤

某些工具

sudo yum groupinstall "Development Tools"
sudo yum install zlib-devel perl-ExtUtils-MakeMaker

安装node npm

# VERSION=v14.16.1
# DISTRO=linux-x64
# sudo mkdir -p /usr/local/lib/nodejs
#sudo tar -xJvf node-$VERSION-$DISTRO.tar.xz -C /usr/local/lib/nodejs 

#vi  /etc/profile

VERSION=v14.16.1
DISTRO=linux-x64
export PATH=/usr/local/lib/nodejs/node-$VERSION-$DISTRO/bin:$PATH


#source /etc/profile

测试

$ node -v
$ npm version
$ npx -v

安装nignx

1.前置环境

#yum install gcc-c++
#yum install -y pcre pcre-devel  zlib zlib-devel  openssl openssl-devel

2.正式

#wget -c https://nginx.org/download/nginx-1.12.0.tar.gz
#tar -zxvf nginx-1.12.0.tar.gz
#cd nginx-1.12.0
#./configure
#make
#make install

查找安装路径：

#whereis nginx

启动、停止nginx

#cd /usr/local/nginx/sbin/
#./nginx 
#./nginx -s stop
#./nginx -s quit
#./nginx -s reload

开机自启动
即在rc.local增加启动代码就可以了。

#vi /etc/rc.local

增加一行 /usr/local/nginx/sbin/nginx

设置执行权限：

#chmod 755 rc.local

配置jbrowse

mkdir -p /var/www/jbrowse

下载
curl -O http://jbrowse.org/releases/JBrowse-1.12.3/JBrowse-1.12.3.zip（最好使用此版本）

unzip JBrowse-1.12.3.zip

修改nginx配置文件 vi /usr/local/nginx/conf/nginx.conf

/var/www/jbrowse/JBrowse-1.12.3

执行 ./setup.sh 需要等好久

公众号    52DATA   学习更多