2021-03-12 R语言之安装R与R Studio 以及 clusterprofiler R包

1、安装R

先安装R语言，到官网https://www.r-project.org/，点击download R，选择镜像China的随便一个，选择download R for Windows，选择install R for the first time ， 选择最新版本，一般就是第一行，Download R 4.0.4 for Windows，下面也有pervious release旧版本，下载旧版本版本一般只需要选择R-版本号-win.exe下载即可。然后安装，选择组件的一步全选，路径自己改，其他默认安装完成。

2、安装R Studio

在安装R Studio，到官网https://rstudio.com/下载，点击Download it now，选择Windows ，Rstudio Desktop，free的那个，最新版本，一般也是最上面的那个installer。然后默认安装，自己改路径。

3、安装clusterprofiler R包

clusterprofiler是用来做GO和kegg富集分析的，本来下来是为了bitr（）这个命令可以转化id，但是因为我是水稻，水稻注释信息的R包(http://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/BSgenome.Osativa.MSU.MSU7.html)不知道为啥安装总是参数出错，反正就是安不了，就用不得，所以就放弃了。问了R包的作者，和我说他也安不上，上传到biocondutor之后他也没有权限了，让我别用了。我就放弃了。不过找到了Agbase这个网站，很不错。

到网站http://www.bioconductor.org/help/search/index.html?q=clusterprofiler/，选择最新发布的版本。

后续按照图中的提示，在Rstudio 的console输入命令。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")

安装完成，顺便学习了BiocManager::install("R包名")命令，一般这是最方便的安装。