知道高通量测序也应该知道这些

1. 什么是reads

高通量测序平台产生的序列成为reads

2. 什么是contig

拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为contig（重叠群）。

3. 什么是scaffold

基因de novo测序，通过reads拼接获得contigs后，通常还要构建454 paired-end库或者Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3kb，6kb，10kb，20kb）双端序列。基于这些序列，可以确定一些contig直接的顺序关系，这些先后顺序已知的contigs组成scaffold。

4. 什么是Contig N50

Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。将所有的Contig长度相加，能获得一个Contig总长度。然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序，如获得Contig 1，Contig 2，Contig 3...………Contig 25。将Contig按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig总长度*1/2时，Contig 4的长度即为Contig N50。Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。

5. 什么是Scaffold N50

Scaffold N50与Contig N50的定义类似。Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds。将所有的Scaffold长度相加，能获得一个Scaffold总长度。然后将所有的Scaffolds按照从长到短进行排序，如获得Scaffold 1，Scaffold 2，Scaffold 3...………Scaffold 25。将Scaffold按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时，最后一个加上的Scaffold长度即为Scaffold N50。举例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold总长度*1/2时，Scaffold 5的长度即为Scaffold N50。Scaffold N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。

参考：
http://kaopubear.top/2017-09-24-ArtifactsandInsert.html