单基因也可以这么做，经典生信文章思路，简单易复现更可升级

今天给同学们分享一篇生信文章“High Expression of PSRC1 Predicts Poor Prognosis in Lung Adenocarcinoma”，这篇文章发表在J Cancer期刊上，影响因子为3.9。

结果解读：

LUAD和LUSC中PSRC1表达高

从TCGA数据集中，有535名LUAD患者和502名LUSC患者符合所需的临床特征。为了检测LUAD和LUSC患者中PSRC1的表达情况，作者将其在肿瘤组织中的表达水平与正常肺组织进行了比较。结果显示，LUAD和LUSC组织中PSRC1的表达水平显著高于正常组织（p < 0.001），而肿瘤组织中的表达水平也高于其相应的正常组织（p < 0.001）。为了验证PSRC1表达的差异，作者对90名LUAD患者和60名LUSC患者的正常和肿瘤组织进行了免疫组化分析。结果在LUAD、LUSC和相应的正常肺组织中得到了验证（p < 0.001）。图1D、1E、显示了代表性的免疫组化图像。

与TCGA数据集中LUAD和LUSC的临床病理特征相关的PSRC1表达

根据LUAD患者的年龄、性别、吸烟史、T分期和病理分期组别，PSRC1的表达情况有所不同（图2）。分析结果显示，T2/T3/T4期的LUAD患者中PSRC1的表达水平高于T1期的患者（p = 0.003；图2A），病理分期高的LUAD患者中PSRC1的表达水平高于病理分期低的患者（p = 0.023；图2B），治疗效果改善或稳定的LUAD患者中PSRC1的表达水平低于肿瘤进展的患者（p = 0.002；图2C）。年龄较大的LUAD患者与65岁以下的患者相比，表达水平较低（p < 0.001；图2D），男性LUAD患者的表达水平高于女性LUAD患者（p < 0.001；图2E）。吸烟时间长的LUAD患者中PSRC1的表达水平高于吸烟时间短的LUAD患者（p = 0.018；图2F）。

PSRC1的高表达是LUAD预后不良的独立危险因素

Kaplan-Meier分析用于估计LUAD和LUSC患者的生存率。图3A、3B包括患者死亡和疾病复发作为终点事件，并使用log-rank检验比较了两个生存曲线。Cox比例风险回归模型用于分析图3C、3D中OS和PFI的影响因素。结果显示，高PSRC1表达的LUAD肿瘤患者的生存时间比低PSRC1表达的患者短（OS，p = 0.003，图3A；PFI，p = 0.013，图3B）。这个结论与90例LUAD患者的结果一致（OS，图3C；PFI，图3D；p < 0.001）。然而，在TCGA LUSC数据集或60例LUSC患者中中未观察到显著相关性。

建立一个等高线图

作者通过对TNM分期、初次治疗结果、年龄、性别和PSRC1表达进行加权，构建了一个预后评分图。图4A基于对具有PSRC1表达的LUAD患者不同临床亚组的生存分析，展示了一个森林图。预后图包括与多变量分析中生存相关的临床特征（即高PSRC1表达、T分期、N分期和初次治疗结果；图4B）。这些结果也证实了高PSRC1表达与不良预后的关联。作者使用c-index评估了预后图的区分度。在作者的预后图中，LUAD的c-index为0.815（95%CI:0.771-0.860）。如图所示的校准图表明，预测值与观察值之间存在良好的一致性。

相关性和丰富度分析

作者使用TCGA数据分析了PSRC1与LUAD中其他基因的相关性，以预测PSRC1的功能。作者使用R（| logFC | > 1，调整后的p值 < 0.05）对TCGA数据集进行了分析（图5）。在高表达组和低表达组之间，PSRC1鉴定出了3703个差异表达基因（2200个上调和1503个下调）。作者创建了火山图和热图来可视化结果（图5A和B）。通过WGCNA鉴定了与PSRC1相关的棕色核心模块，因此作者使用clusterProfiler R包对棕色模块进行富集分析。图5C显示了与生物过程、细胞组分和分子功能最重要的GO术语。在LUAD中，GO分析揭示了326个与生物过程相关的GO术语，表明PSRC1参与了许多生物过程，如细胞器分裂、核分裂和染色体分离。与细胞组分类别“染色体”相关的GO术语有44个。还有21个与分子功能相关的GO术语，如微管结合、ATP水解活性和微管结合。根据KEGG功能富集分析，相关基因参与了细胞周期、氨基酸的生物合成以及糖酵解/糖异生过程。

作者进行了GSEA分析，以确定在LUAD中激活的信号通路，并且调整后的p值<0.05和FDR<0.25被认为是显著的。结果显示，在两组之间有以下八个通路显著不同：G蛋白偶联受体（GPCR）配体结合、RHO GTP酶信号传导、M期、神经系统、Tp53的转录调控、DNA修复、WNT信号传导以及氨基酸和衍生物的代谢（图6A-H）。

免疫细胞浸润与LUAD中的PSRC1之间的相关性

癌症患者的生存与免疫细胞浸润有关。使用Spearman's r分析了LUAD中PSRC1表达水平与24种免疫细胞类型浸润之间的相关性（图7A）。结果显示，PSRC1的表达与肥大细胞、嗜酸性粒细胞、树突状细胞（DC）和未成熟树突状细胞（iDC）的浸润呈负相关（p < 0.001；图7B-E），与第2型T辅助细胞（Th2）和γδ T细胞（Tgd）的浸润呈正相关（p < 0.001；图7F-G）。

总结

通过基于在线数据集的生物信息学分析，作者的研究表明，在LUAD和LUSC中，PSRC1在肿瘤组织中的表达均高于正常组织。通过收集临床样本，作者专注于NSCLC的免疫组织化学和生存分析。结果表明，PSRC1的高表达与LUAD的不良预后显著相关，但在LUSC的情况下没有观察到相关性。因此，PSRC1可能是一种有前景的预后生物标志物，可作为LUAD患者的有价值的治疗靶点。