python医学图像处理之读取DICOM文件信息

        相信很多和我一样做医学图像处理的小伙伴都接触过DICOM格式的数据吧。由于不同的DICOM文件在存储和传输时存在差异，所以处理起来总是让我们非常头疼。

        接下来，我就教大家如何读取DICOM文件中的文本信息。

        那么，在DICOM文件中，比较常用的信息究竟都有哪些呢？这里大致给大家列举一下：

• Patient Name（患者姓名）：患者的姓名。

• Patient ID（患者ID）：患者的唯一标识符。

• Patient Birth Date（患者出生日期）：患者的出生日期。

• Patient Sex（患者性别）：患者的性别。

• Modality（影像模态）：表示产生影像的设备类型，如CT、MRI、X-Ray等。

• Series Description（系列描述）：描述系列的信息，例如图像采集的方向或参数设置。

• Image Orientation (Patient)（图像定位（患者））：表示图像在患者坐标系中的方向。

• Pixel Spacing（像素间距）：表示图像中像素在物理空间中的尺寸。

• Slice Thickness（切片厚度）：表示图像的切片厚度。

• ......

       接下来，我们就开始读取DICOM文件。这里，我们使用的是pydicom库。这是一个python中常用来处理DICOM文件的库，当然，SimpleITK库和vtk库也可以用来处理这种格式的文件。

path = r"D:\cartilage\1-1_1_1B420709.dcm"  # dicom文件路径
dicom = pydicom.dcmread(path, force=True)

        这里呢，要强调一下，"force=True"一定要加上！！！由于存储和传输的不同，导致我们的DICOM文件可能会缺少一些必要的元素，如果不强制读取，就很有可能会报错哦~

        再跟大家分享一个小问题的解决方式吧，不知道是否有小伙伴也遇到过类似的问题。有的文件后缀是大写的"DCM"，如果我们将path写为"D:\cartilage\1-1_1_1B420709.DCM"，就会报错。这个时候，我们只需要强制将源文件的文件后缀改为小写的"dcm"，代码中path也同样使用小写的"dcm"就可以解决了哦~

        然后，我们输出一下我们的dicom文件，看看文件中究竟都包含了哪些信息呢？图1是我的文件输出结果。

print(dicom) 

 图1 文件输出结果

        下面就教大家如何读取文本信息，这里提供两种方式。

        第一种，从图1我们可以看到每一项信息前都有一个编号，我们可以通过输入编号读取信息。输出结果如图2所示。

print(dicom[('0008', '0060')])
print(dicom[('0019', '101e')])

 图2 方法一输出结果

       第二种，也是我个人比较喜欢的一种，直接指定输出哪些信息，同样的代码适用于绝大多数的DICOM文件。输出结果如图3所示。

print(dicom.Modality) #Modality（影像模态）
print(dicom.StudyDate) #拍摄时间
print(dicom.PatientName) #Patient Name（患者姓名）
print(dicom.PatientID) #Patient ID（患者ID）
print(dicom.PatientSex) #Patient Sex（患者性别）
print(dicom.PatientBirthDate) #Patient Birth Date（患者出生日期）
print(dicom.SliceThickness) #Slice Thickness（切片厚度）
print(dicom.Rows) #图像的宽
print(dicom.Columns) #图像的长
print(dicom.PixelSpacing) #Pixel Spacing（像素间距）
print(dicom.ImageOrientationPatient) #Image Orientation (Patient)（图像定位（患者））
print(dicom.SeriesDescription) #Series Description（系列描述）

 图3 方法二输出结果

        DICOM文件中这些信息，对我们开发基于医学影像的软件，或者是整理数据、进行三维重建等都十分有帮助。如果大家对医学图像三维重建感兴趣的话，也可以浏览一下我的另一篇博客：https://blog.csdn.net/Cherry330/article/details/131836418?spm=1001.2014.3001.5502

        最后附上源码，希望对小伙伴们有所帮助哦~

# -*- coding: utf-8 -*-
import pydicom

path = r"D:\cartilage\1-1_1_1B420709.dcm"  # dicom文件路径
dicom = pydicom.dcmread(path, force=True)
print(dicom)
print("------------------------------------------------------------------------------------")
print(dicom[('0008', '0060')])
print(dicom[('0019', '101e')])
print("------------------------------------------------------------------------------------")
print(dicom.Modality) #Modality（影像模态）
print(dicom.StudyDate) #拍摄时间
print(dicom.PatientName) #Patient Name（患者姓名）
print(dicom.PatientID) #Patient ID（患者ID）
print(dicom.PatientSex) #Patient Sex（患者性别）
print(dicom.PatientBirthDate) #Patient Birth Date（患者出生日期）
print(dicom.SliceThickness) #Slice Thickness（切片厚度）
print(dicom.Rows) #图像的宽
print(dicom.Columns) #图像的长
print(dicom.PixelSpacing) #Pixel Spacing（像素间距）
print(dicom.ImageOrientationPatient) #Image Orientation (Patient)（图像定位（患者））
print(dicom.SeriesDescription) #Series Description（系列描述）