2021-04-01芡实和金鱼藻1

内容区

1、被子植物（开花植物），有350000个物种，多样性非常丰富，而它的起源是一个谜题。前人的研究确认了早期分化的3个类群（ANA系统）：无油樟目、木兰藤目、睡莲目，然而被子植物物种多样性是来自于真被子植物，真双子叶植物和单子叶植物是2个重要的分支（物种最多），然后还有木兰类，而另外2类：金栗兰目和金鱼藻目则包含最少的物种。这5类的系统进化关系还不明确，所以要进行本研究。
2、基因组研究很重要，在推断早期被子植物关系时，缺乏关键类群的基因组数据可能加剧了系统发育的不确定性。比如之前测定了木兰类的3个基因组，但这两项研究中木兰类植物相对于单子叶植物和双子叶植物的位置关系是冲突的：单子叶植物是木兰属和双子叶植物的姐妹支，还是木兰属植物是单子叶植物和双子叶植物的姐妹支？
3、因此本研究测了芡实和金鱼藻的基因组，2者分别是睡莲目和金鱼藻目的代表类群。

疑问

Ks和WGD事件是怎么样的关系？（参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1MjU5MjMzNA==&mid=2247489290&idx=2&sn=5fd6571afc9cc31d1440c3ae285ecc8a&chksm=e9e03eabde97b7bd3f65f435da90301dd17a593ef18237bd32a0a4865d0e28c9f0d996e72db0&scene=21#wechat_redirect和https://mp.weixin.qq.com/s?src=11×tamp=1617240813&ver=2981&signature=oFVEEMh-7hU1bDQ3kP1QXhfvgP0pHVNAJ9gZFWHuJjXa31hrGjhdCk1QGmjBmQKCpUyaHfZTHWaMZIvZBIN1dlrdfRW7hSzMJd*epukIHTc5y48rPOyUsRK95r21ao&new=1

目前有多种方法可以用来识别全基因组加倍事件。常用的是2个：第一种方法比较直观，通过染色体共线性（synteny）方式来识别基因组加倍事件。利用共线性方法有一个弊端就是需要依赖全基因组的序列和基因顺序，因此只有做了全基因组测序才能进行共线性分析。第二种识别全基因组加倍事件的方法就是同义突变率Ks方法，这种方法的背景是认为Ks值在某种程度上反映了同源基因的产生时间。而全基因组加倍事件会产生大量的同源基因，反映在Ks值上便是会有大量的Ks值接近的同源基因对的产生，这样通过绘制Ks值的分布图便可以发现明显的Ks值峰，而这些峰也就对应了全基因组加倍事件。一般文章做的比较完整的就2个方法都用上，如果结果不一致，可能会讲一个进化故事（比如之前的睡莲文章）