windows下SRA Toolkit下载原始数据

打脸时刻来了~~~~
之前在Linux下用SRA Toolkit下载数据效果不好，所以，果断的将它拉入了黑名单。
但是最近下载数据，用windows版本的SRA Toolkit，啊~_真香~~

1、下载

image.png

然后解压缩。

2、安装

D:\1系统软件安装包\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\vdb-config --interactive

会出现以下界面，有点懵逼。

image.png

但是一般软件的安装程序就是自定义安装还是默认安装。为了防止各种插件出错，保险起见，选择默认。
按“default”当中标亮的字母，“f”即可。
然后后面会弹出两个问题，自己看着选择就行。

然后 过一会儿会跳出来你结果文件的存储路径。
按上下键选择，按“s”保存，再按“exit”退出。

然后输入

D:\1系统软件安装包\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\prefetch -h

跳出以下界面说明安装成功。

image.png

3、数据下载
进入你要下载的数据的SRR界面。
如下图所示：先选1，再下载2。

image.png

然后你就会得到一个SRR_Acc_List.txt文件。

然后把这个文件放到你知道的位置。

D:\1系统软件安装包\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\prefetch.exe --option-file SRR_Acc_List.txt

等待数据下载完成。

image.png

4、获得fastq文件
上述步骤你会得到很多个SRR开头的文件夹。
然后通过fastq-dump将这些数据转换成FASTQ文件，即可。

D:\1系统软件安装包\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\fastq-dump -I --split-files SRRxxxxx

欧了。