Pytorch从零开始实战12

Pytorch从零开始实战——DenseNet算法实战

本系列来源于365天深度学习训练营

原作者K同学

环境准备

本文基于Jupyter notebook，使用Python3.8，Pytorch2.0.1+cu118，torchvision0.15.2，需读者自行配置好环境且有一些深度学习理论基础。本次实验的目的是理解并使用DenseNet模型，本次实验由于参数较大，建议使用GPU进行计算。
第一步，导入常用包

import torch
import torch.nn as nn
import matplotlib.pyplot as plt
import torchvision
import torchvision.transforms as transforms
import torchvision.datasets as datasets
import torch.nn.functional as F
import random
from time import time
import numpy as np
import pandas as pd
import datetime
import gc
import os
import copy
import warnings
os.environ['KMP_DUPLICATE_LIB_OK']='True'  # 用于避免jupyter环境突然关闭
torch.backends.cudnn.benchmark=True  # 用于加速GPU运算的代码

设置随机数种子

torch.manual_seed(428)
torch.cuda.manual_seed(428)
torch.cuda.manual_seed_all(428)
random.seed(428)
np.random.seed(428)

检查设备对象

device = torch.device("cuda" if torch.cuda.is_available() else "cpu")
device, torch.cuda.device_count() # # (device(type='cuda'), 2)

数据集

本次实验将探索在医学领域使用深度学习，准确识别和分类乳腺癌亚型是一项重要的临床任务，利用深度学习方法识别可以有效节省时间并减少错误。数据集是由多张以 40 倍扫描的乳腺癌 (BCa) 标本的完整载玻片图像组成。
使用pathlib查看类别，本次类别只有0，1两种类别分别代表不患癌和患癌

import pathlib
data_dir = './data/ill/'
data_dir = pathlib.Path(data_dir) # 转成pathlib.Path对象
data_paths = list(data_dir.glob('*')) 
classNames = [str(path).split("/")[2] for path in data_paths]
classNames # ['0', '1']

使用transforms对数据集进行统一处理，并且根据文件夹名映射对应标签

all_transforms = transforms.Compose([
    transforms.Resize([224, 224]),
    transforms.ToTensor(),
    transforms.Normalize(mean=[0.485, 0.456, 0.406], std=[0.229, 0.224, 0.225]) # 标准化
])

total_data = datasets.ImageFolder("./data/ill/", transform=all_transforms)
total_data.class_to_idx # {'0': 0, '1': 1}

随机查看5张图片

def plotsample(data):
    fig, axs = plt.subplots(1, 5, figsize=(10, 10)) #建立子图
    for i in range(5):
        num = random.randint(0, len(data) - 1) #首先选取随机数，随机选取五次
        #抽取数据中对应的图像对象，make_grid函数可将任意格式的图像的通道数升为3，而不改变图像原始的数据
        #而展示图像用的imshow函数最常见的输入格式也是3通道
        npimg = torchvision.utils.make_grid(data[num][0]).numpy()
        nplabel = data[num][1] #提取标签 
        #将图像由(3, weight, height)转化为(weight, height, 3)，并放入imshow函数中读取
        axs[i].imshow(np.transpose(npimg, (1, 2, 0))) 
        axs[i].set_title(nplabel) #给每个子图加上标签
        axs[i].axis("off") #消除每个子图的坐标轴

plotsample(total_data)

根据8比2划分数据集和测试集，并且利用DataLoader划分批次和随机打乱

train_size = int(0.8 * len(total_data))
test_size  = len(total_data) - train_size
train_ds, test_ds = torch.utils.data.random_split(total_data, [train_size, test_size])

batch_size = 32
train_dl = torch.utils.data.DataLoader(train_ds,
                                        batch_size=batch_size,
                                        shuffle=True,
                                      )
test_dl = torch.utils.data.DataLoader(test_ds,
                                        batch_size=batch_size,
                                        shuffle=True,
                                     )

len(train_dl.dataset), len(test_dl.dataset) # (10722, 2681)

模型选择

本次实验使用DenseNet模型，DenseNet的设计核心思想是通过密集连接来增强神经网络的信息流动，促进梯度的传播，以及提高参数的共享和重复使用。采用跨通道concat的形式来连接，会连接前面所有层作为输入，这里的连接不是ResNet那样的相加，而在channel维度的叠加。
核心公式为：

DenseNet中的基本组成单元是DenseBlock，它由多个密集连接的DenseLayer组成。每个DenseLayer都接收所有前面的DenseLayer特征作为输入，将其连接到自己的输出上，并传递给后续的层。如图所示，这是一个基本的DenseBlock模块。

整体网络架构图如下所示，借用K同学的图片

为了控制模型的复杂度并减少特征图的大小，DenseNet引入了Transition Block。过渡块包括批归一化、ReLU激活和 1x1 卷积，以减小特征图的通道数，并通过池化操作降低空间维度。

首先对DenseLayer类定义，本次实验使用add_module函数，默认是用于向类中添加一个子模块，第一个参数为模块名，第二个参数为模块实例，其实相当于加到父类的nn.Sequential里面，所以调用的时候使用super().forward(x)，这段的核心是将输入 x 与新特征 t 进行通道维度上的连接，完成密集连接。

class DenseLayer(nn.Sequential):
    def __init__(self, num_input_features, growth_rate, bn_size, drop_rate):
        super().__init__()
        self.add_module("norm1", nn.BatchNorm2d(num_input_features))
        self.add_module("relu1", nn.ReLU(inplace=True))
        self.add_module("conv1", nn.Conv2d(num_input_features, bn_size * growth_rate, kernel_size=1, stride=1, bias=False))
        self.add_module("norm2", nn.BatchNorm2d(bn_size * growth_rate))
        self.add_module("relu2", nn.ReLU(inplace=True))
        self.add_module("conv2", nn.Conv2d(bn_size*growth_rate, growth_rate, kernel_size=3, stride=1, padding=1, bias=False))
        self.drop_rate = drop_rate

    def forward(self, x):
        t = super().forward(x)
        if self.drop_rate > 0:
            t = F.dropout(t, p=self.drop_rate, training=self.training)
        return torch.cat([x, t], 1)

下面是DenseBlock的实现，通过循环创建了多个DenseLayer。其中的 num_input_features + i * growth_rate 用于指定输入通道的数量，确保每个DenseLayer的输入通道数逐渐增加。将新创建的DenseLayer添加为 DenseBlock 的子模块。循环结束后，DenseBlock 就包含了多个DenseLayer，每个DenseLayer都具有逐渐增加的输入通道数量。

class DenseBlock(nn.Sequential):
    def __init__(self, num_layers, num_input_features, bn_size, growth_rate, drop_rate):
        super().__init__()
        for i in range(num_layers):
            layer = DenseLayer(num_input_features + i * growth_rate, growth_rate, bn_size, drop_rate)
            self.add_module("denselayer%d" % (i + 1), layer)

下面是Transition，实现过渡的功能，是在块之间降低通道数量和空间维度。

class Transition(nn.Sequential):
    def __init__(self, num_input_feature, num_output_features):
        super().__init__()
        self.add_module("norm", nn.BatchNorm2d(num_input_feature))
        self.add_module("relu", nn.ReLU(inplace=True))
        self.add_module("conv", nn.Conv2d(num_input_feature, num_output_features, kernel_size=1, stride=1, bias=False))
        self.add_module("pool", nn.AvgPool2d(2, stride=2))

模型实现，self.features 是一个包含多个层的序列，包括初始卷积块、多个DenseBlock和Transition，以及最后的全局平均池化和分类器。遍历 block_config 中的配置，创建DenseBlock和Transition。参数初始化部分使用了 Kaiming 初始化和常数初始化。
其中，OrderedDict是Python中的一种有序字典数据结构，它保留了元素添加的顺序。在神经网络中，我们可以使用OrderedDict来指定模型的层次结构。

from collections import OrderedDict
class DenseNet(nn.Module):
    def __init__(self, growth_rate=32, block_config=(6, 12, 24, 16), num_init_features=64,
                 bn_size=4, compression_rate=0.5, drop_rate=0, num_classes=1000):
        super().__init__()
        self.features = nn.Sequential(OrderedDict([
            ("conv0", nn.Conv2d(3, num_init_features, kernel_size=7, stride=2, padding=3, bias=False)),
            ("norm0", nn.BatchNorm2d(num_init_features)),
            ("relu0", nn.ReLU(inplace=True)),
            ("pool0", nn.MaxPool2d(3, stride=2, padding=1))
        ]))

        num_features = num_init_features
        for i, num_layers in enumerate(block_config):
            block = DenseBlock(num_layers, num_features, bn_size, growth_rate, drop_rate)
            self.features.add_module("denseblock%d" % (i + 1), block)
            num_features += num_layers * growth_rate
            if i != len(block_config) - 1:
                transition = Transition(num_features, int(num_features * compression_rate))
                self.features.add_module("transition%d" % (i + 1), transition)
                num_features = int(num_features * compression_rate)

        self.features.add_module("norm5", nn.BatchNorm2d(num_features))
        self.features.add_module("relu5", nn.ReLU(inplace=True))

        self.classifier = nn.Linear(num_features, num_classes)

        for m in self.modules():
            if isinstance(m, nn.Conv2d):
                nn.init.kaiming_normal_(m.weight)
            elif isinstance(m, nn.BatchNorm2d):
                nn.init.constant_(m.bias, 0)
                nn.init.constant_(m.weight, 1)
            elif isinstance(m, nn.Linear):
                nn.init.constant_(m.bias, 0)

    def forward(self, x):
        features = self.features(x)
        out = F.avg_pool2d(features, 7, stride=1).view(features.size(0), -1)
        out = self.classifier(out)
        return out

使用summary查看网络

开始训练

定义训练函数

def train(dataloader, model, loss_fn, opt):
    size = len(dataloader.dataset)
    num_batches = len(dataloader)
    train_acc, train_loss = 0, 0

    for X, y in dataloader:
        X, y = X.to(device), y.to(device)
        pred = model(X)
        loss = loss_fn(pred, y)

        opt.zero_grad()
        loss.backward()
        opt.step()

        train_acc += (pred.argmax(1) == y).type(torch.float).sum().item()
        train_loss += loss.item()

    train_acc /= size
    train_loss /= num_batches
    return train_acc, train_loss

定义测试函数

def test(dataloader, model, loss_fn):
    size = len(dataloader.dataset)
    num_batches = len(dataloader)
    test_acc, test_loss = 0, 0
    with torch.no_grad():
        for X, y in dataloader:
            X, y = X.to(device), y.to(device)
            pred = model(X)
            loss = loss_fn(pred, y)
    
            test_acc += (pred.argmax(1) == y).type(torch.float).sum().item()
            test_loss += loss.item()

    test_acc /= size
    test_loss /= num_batches
    return test_acc, test_loss

定义学习率、损失函数、优化算法

loss_fn = nn.CrossEntropyLoss()
learn_rate = 0.0001
opt = torch.optim.Adam(model.parameters(), lr=learn_rate)

开始训练，epoch设置为20

import time
epochs = 20
train_loss = []
train_acc = []
test_loss = []
test_acc = []

T1 = time.time()

best_acc = 0
best_model = 0

for epoch in range(epochs):

    model.train()
    epoch_train_acc, epoch_train_loss = train(train_dl, model, loss_fn, opt)
    
    model.eval() # 确保模型不会进行训练操作
    epoch_test_acc, epoch_test_loss = test(test_dl, model, loss_fn)

    if epoch_test_acc > best_acc:
        best_acc = epoch_test_acc
        best_model = copy.deepcopy(model)
        
    train_acc.append(epoch_train_acc)
    train_loss.append(epoch_train_loss)
    test_acc.append(epoch_test_acc)
    test_loss.append(epoch_test_loss)
    
    print("epoch:%d, train_acc:%.1f%%, train_loss:%.3f, test_acc:%.1f%%, test_loss:%.3f"
          % (epoch + 1, epoch_train_acc * 100, epoch_train_loss, epoch_test_acc * 100, epoch_test_loss))

T2 = time.time()
print('程序运行时间:%s秒' % (T2 - T1))

PATH = './best_model.pth'  # 保存的参数文件名
if best_model is not None:
    torch.save(best_model.state_dict(), PATH)
    print('保存最佳模型')
print("Done")

效果还是不错的

可视化

可视化训练过程与测试过程

import warnings
warnings.filterwarnings("ignore")               #忽略警告信息
plt.rcParams['font.sans-serif']    = ['SimHei'] # 用来正常显示中文标签
plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False      # 用来正常显示负号
plt.rcParams['figure.dpi']         = 100        #分辨率

epochs_range = range(epochs)

plt.figure(figsize=(12, 3))
plt.subplot(1, 2, 1)

plt.plot(epochs_range, train_acc, label='Training Accuracy')
plt.plot(epochs_range, test_acc, label='Test Accuracy')
plt.legend(loc='lower right')
plt.title('Training and Validation Accuracy')

plt.subplot(1, 2, 2)
plt.plot(epochs_range, train_loss, label='Training Loss')
plt.plot(epochs_range, test_loss, label='Test Loss')
plt.legend(loc='upper right')
plt.title('Training and Validation Loss')
plt.show()

总结

本次实验学习到了一个更激进的密集连接机制，每个层都会包含前面层所有的输入，而且与ResNet不同，层与层之间使用叠加的方式进行连接，来增强神经网络的信息流动，促进梯度的传播，以及提高参数的共享和重复使用，使得模型表现出不错的效果。