使用AF2预测结构的b-factor配色方法

在chimerax中保存的AF2预测结构中是包含了可信度信息的,应该是加在了原先解析的结构包括的b-factor栏中

但是如果直接打开这些pdb文件,颜色是默认的,并不能展示氨基酸之间可信度的区别

默认打开的pdb文件

如果用color by b-factor的方法更改配色,则默认是red-white-blue的配色方案

>color bfactor

color bfactor

因为这是基于palette options的默认b-factor方案,从帮助中可以发现每个配色方案都有自己对应的命令


配色方案


color bfactor palette rainbow

用彩虹模式展示为上图所示,而AF2的默认配色方案也可以用相应的命令得到

>color bfactor palette alphafold


color bfactor palette alphafold

这就和AF2当时预测得到的模型配色方案一致了

OK

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