ipyrad分析RAD数据(官网给出)的详细操作步骤(入门级)

序言:目前(截止2020.04.01),针对RAD-seq数据的分析软件主要有伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校Catchen实验室的STACKS和哥伦比亚大学Deren Eato实验室的ipyrad(其前身为pyRAD),根据物种的系统发育分析实践得知,(1)其中前者比较侧重群体遗传学,后者更侧重物种的系统发生;(2)stacks会造成更多的数据缺失,可能是由于无法识别indel的缘故。

00.安装ipyrad软件
00.安装软件(验证)
01.下载数据
02.解压数据
03.数据归类(tree命令查看)
04.构建并查看barcode
05.创建并查看参数文件


06.添加参数信息
07.跑第一步(Demultiplex raw data)
08.查看第一步结果
08.查看第一步结果
09.跑第二步(过滤原始数据)
10.查看第二步过滤后的数据
10.查看第二步骤的输出a
10.查看第二步的输出b
11.跑第三步
11.查看参数文件中第三步所用的参数之一
12.查看第三步的结果和进程
12.查看第三步的所有统计结果
13.跑第四步并查看结果
14.跑第五步并查看结果
15.跑第六步并查看结果
16.跑第七步并查看结果和进程
17.查看整个目录和子目录

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