原本随想

ipyrad分析RAD数据（官网给出）的详细操作步骤（入门级）

序言：目前（截止2020.04.01），针对RAD-seq数据的分析软件主要有伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校Catchen实验室的STACKS和哥伦比亚大学Deren Eato实验室的ipyrad（其前身为pyRAD），根据物种的系统发育分析实践得知，（1）其中前者比较侧重群体遗传学，后者更侧重物种的系统发生；（2）stacks会造成更多的数据缺失，可能是由于无法识别indel的缘故。

00.安装ipyrad软件

00.安装软件（验证）

01.下载数据

02.解压数据

03.数据归类（tree命令查看）

04.构建并查看barcode

05.创建并查看参数文件

06.添加参数信息

07.跑第一步（Demultiplex raw data）

08.查看第一步结果

09.跑第二步（过滤原始数据）

10.查看第二步过滤后的数据

10.查看第二步骤的输出a

10.查看第二步的输出b

11.跑第三步

11.查看参数文件中第三步所用的参数之一

12.查看第三步的结果和进程

12.查看第三步的所有统计结果

13.跑第四步并查看结果

14.跑第五步并查看结果

15.跑第六步并查看结果

16.跑第七步并查看结果和进程

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