Sentieon | 每周文献-Clinical Trial-第十一期

临床试验系列文章-1

  • 标题(英文):Investigation of product-derived lymphoma following infusion of piggyBac-modified CD19 chimeric antigen receptor T cells
  • 标题(中文):输注piggyBac修饰的CD19 CAR-T细胞后产物衍生性淋巴细胞瘤的研究
  • 发表期刊:Blood
  • 作者单位:澳大利亚悉尼维斯米德医院等
  • 发表年份:2021
  • 文章地址:https://doi.org/10.1182/blood.2021010858


CAR T细胞在复发和难治性B细胞恶性肿瘤中显示出显著的疗效。目前,大多数在使用的CAR T细胞产品都是使用逆转录病毒和慢病毒载体制造的。基因改造具有诱变的风险。
由于病毒载体的成本和有限的转基因能力,研究者使用piggyBac转座子系统设计了一个CAR T细胞生产方案,并在临床I期实验中发现的2例恶性转化病例进行了研究。通过流式细胞检测、AbSeq免疫表型分析、流式细胞分选、TCR分析、中靶和脱靶分析、插入位点分析、转基因拷贝数分析、全基因组测序及全转录组测序分析等对恶化患者进行了系统性研究。研究结果表明,淋巴细胞瘤恶化患者显示出高转基因拷贝数,但没有插入到已报到的经典癌基因中。检测到的其他基因组变异如基因组拷贝数变异、点突变等,但与插入位点无关。另外,转录组结果表明,全局的基因表达量变化主要与拷贝数相关,而非插入位点。当前的研究结果表明,CAR T细胞虽然具有良好的安全性记录,但仍需谨慎和定期随访患者,特别是使用新的转基因方法进行免疫治疗时。
在全基因组测序数据分析中,研究者使用Sentieon软件进行比对及变异检测等相关分析处理。



综上所述,研究者使用piggyBac转座子系统构建了CAR T细胞,通过对两例淋巴细胞瘤恶性转化患者的研究,发现转基因并没有整合到已知的癌基因中。使用靶向捕获测序没有检测到明显的致癌驱动序列变异,而观察到了癌基因和抑癌基因广泛的拷贝数变化。该研究结果为其他探索将新的基因修饰方法应用于CAR T细胞生产的人员来说,具有警示作用。

临床试验系列文章-2

  • 标题(英文):Neoantigen Load as a Prognostic and Predictive Marker for Stage II/III Non-Small Cell Lung Cancer in Chinese Patients
  • 标题(中文):新抗原负荷作为中国非小细胞肺癌II/III患者的预后和预测标志物
  • 发表期刊:Research Square
  • 作者单位:浙江肿瘤医院等
  • 发表年份:2020
  • 文章地址:https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-130886/v1

II/III 期非小细胞肺癌 (NSCLC) 的预后即使在完全肿瘤切除和辅助化疗后也不令人满意。具有高免疫原性的肿瘤被定义为“热肿瘤”,并与免疫疗法的临床益处相关。
在本研究中,研究者评估了免疫基因组特征和基因突变特征对中国II/III期非小细胞肺癌患者的预后和预测价值。研究发现,高肿瘤突变负荷(TMB,>4个突变/Mb)与NSCLC患者的无病生存期更好相关,尽管在鳞状细胞肺癌和肺腺癌亚组中没有这种关联。此外,在低NAL亚组的鳞状细胞肺癌患者中,较高的新抗原载量(NAL,>2个新抗原/Mb)在辅助化疗后表现出更好的无病生存期和生存获益,但在肺腺癌亚组中则没有。高DNA损伤修复(DDR)指数(基因突变发生在至少三种不同的DNA修复途径中)与高NAL数量和鳞状细胞肺癌的良好无病生存期相关,但在肺腺癌患者中则不然。然而,单个基因、癌基因通路和抗原呈递机制基因的突变,以及人白细胞抗原(HLA)-I数和HLA-I杂合性丧失(LOH)对鳞状细胞肺癌或肺腺癌患者的无病生存期没有预后或预测价值。
在配对样本WES数据分析部分,研究者使用Sentieon软件进行去重复、INDEL重比对、BQSR及使用Sentieon TNseq模块进行somatic突变检测。



综上所述,研究表明,在中国患者中,较高的新抗原负荷(NAL)可改善鳞状细胞肺癌(SCC)的无病生存期,但不能改善肺腺癌(ADC)的无病生存期。在NAL较低而ADC较低的SCC患者中,辅助化疗可改善其生存期。目前的数据显示,NAL是肺SCC预后和化疗反应预测的生物标志物。要证实这些数据,还需要在多个机构进行更大样本量的进一步研究。

Sentieon软件介绍

Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案,其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下,大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度,并匹配目前全部第二代、三代测序平台。


Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验,致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈,为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案,共同推动基因技术的发展。

截至2023年3月份,Sentieon已经在全球范围内为1300+用户提供服务,被世界一级影响因子刊物如NEJM、Cell、Nature等广泛引用,引用次数超过700篇。此外,Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠,在业内获得广泛认可。

软件试用:https://www.insvast.com/sentieon

你可能感兴趣的:(Sentieon | 每周文献-Clinical Trial-第十一期)