什么是假设检验

什么是假设检验

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假设检验：

参数检验：T检验， 对照组为122，实验组为234，检测实验组比对照组显著，认为各组结果是服从正态分布的，所以比较的是各组的平均值。

非参数检验：不用T检验，不符合正态分布，需要用非参数检验，结果说那个偏大，那个偏小。参数检验要比非参要好。

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假设检验的基本思想

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假设检验的一般步骤：

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举例

当地均值与国家均值不同可能有两种情况

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P Value

（⚠️）P Value的含义

[图片上传中...(image-20200217235725683.png-9d2406-1583768770435-0)]

R语言中的P Value

计算P Value 由于多函数，但都包括p、q、d、r

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pnorm(-1.96,mean = 0,sd = 1)#p和q是反着的，计算概率  
qnorm(0.99,mean = 0,sd = 1)#计算分位数，正态分布的3 sigma法则
dnorm(-10:10,mean = 0,sd = 1)#概率密度
plot(dnorm(seq(-10,10,length.out = 1000),mean = 0,sd =1))#概率密度曲线
#模拟正态分布
rnorm(1000,mean = 5,sd = 2)
set.seed(20200218)#加随机种子，保证随机取样重复出现、
rnorm(2,mean = 5,sd = 2)

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生信中的例子1

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生信中例子2

ChiP-Seq：染色体免疫共沉淀技术

1⃣️蓝色和黄色都是蛋白，想知道蓝色结合DNA的序列

2⃣️先用甲醛使蛋白和DNA结合铰链

3⃣️用蓝色蛋白抗体结合，把蛋白和DNA拽下来

4⃣️进行测序，找鼓包

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input为对照样本

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> ppois(20,lambda = 5)#小于等于20的时候
[1] 0.9999999
> 1-ppois(20,lambda = 5)#pvalue为极端值概率，则大于20时候
[1] 8.10925e-08
#pvalue很小，则认为可能是个peak， 但是在全基因组中reads多，pvalue都很小，则需要进行pvalue的校正。