Genewise简介及安装

Genewise是Wise2软件的核心程序，在官网上自我介绍时说自己是 Ensembl的pipeline 程序，有网友提到这是一个非常老的软件，最新版本开发出来也有10多年了，但是目前还是有很多公司用他进行基因组注释，我也只好先安装，过段时间有数据了好重复一下公司给反馈的结果。因为时间的原因，这次只记录安装过程。

Genewise主要用于将蛋白质序列和DNA序列进行比对，从而对DNA序列上的编码区进行预测。

1.官网下载地址https://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/

$wget http://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/wise2.4.1.tar.gz

$tar -zxvf wise2.4.1.tar.gz

$cdwise2.4.1/src

2.然后将将src目录下所有makefile中的glib-config替换成glib-2.0

$ find . -name  makefile | xargs sed -i 's/glib-config/pkg-config glib-2.0/'

3.替换genewise使用库中函数名发生改变的部分，例如getline,现在是getline_ReadSeqVar

$ perl -p -i -e 's/getline/getline_ReadSeqVars/g' ./HMMer2/sqio.c

$ perl -p -i -e 's/isnumber/isdigit/' models/phasemodel.c

4. 将csh改成sh

$ perl -p -i -e's/csh welcome.csh/sh welcome.csh/'  

makefile

5. make编译

$ make all,  后会显示下图，然后注意红框部分，建立一个运行环境，路径也给你（还算友好）。

$ export WISECONFIGDIR=/public/home/lvqiang/software/wise2.4.1/wisecfg/

当然，后面加入不加入环境变量看个人习惯了，一些不是很常用的软件，我觉得没必要往里加，进入bin/目录：

$ ./genewise -help 

看一下，如下图，显示帮助信息，安装成功：

 里面参数含义及使用办法，结果解读，等我有了自己数据时再写一篇详细介绍了。

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