本文实现了搭建一个最小的基于Dcm4che+Docker的归档服务,能够实现影像DICOM的归档,调阅,转发功能,其搭建参考于GitHub 开源项目说明:dcm4che/dcm4chee-arc-light
- 创建用户和用户组相关信息[可选步骤]
$ sudo -i
# groupadd -r slapd-dcm4chee --gid=1021 && useradd -r -g slapd-dcm4chee --uid=1021 slapd-dcm4chee
# groupadd -r postgres-dcm4chee --gid=999 && useradd -r -g postgres-dcm4chee --uid=999 postgres-dcm4chee
# groupadd -r dcm4chee-arc --gid=1023 && useradd -r -g dcm4chee-arc --uid=1023 dcm4chee-arc
# exit
1.创建一个docker默认桥接网络
$ docker network create dcm4chee_default
2.开启OpenLDAP Server
docker run --network=dcm4chee_default --name ldap \
-p 389:389 \
-v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \
-v /var/local/dcm4chee-arc/ldap:/var/lib/ldap \
-v /var/local/dcm4chee-arc/slapd.d:/etc/ldap/slapd.d \
-d dcm4che/slapd-dcm4chee:2.4.44-12.0
此命令会优先查找镜像,如本地无镜像,则去docker中心下载进行并按参数运行容器。
参数说明:
- --name 容器名称: ldap
- -p docker和宿主机的映射端口 ,前面为宿主机,后面为docker服务端口
- -v 映射docker文件到宿主机,保证容器消失后数据不会丢失
- -d 以后台方式的模式运行
除此在启动容器还可以设定以下参数信息:
-e LDAP_BASE_DN=dc=ihe,dc=net \
-e LDAP_ROOTPASS=mypass \
-e ARCHIVE_DEVICE_NAME=central-archive \
-e AE_TITLE=CENTRAL \
-e ARCHIVE_HOST=central-archive \
-e DICOM_PORT=10104 \
-e HL7_PORT=12575
-e STORAGE_DIR=/storage/fs1
- dc=ihe,dc=net(默认dc=dcm4che,dc=org:)作为LDAP目录的数据库后缀(或基本DN)
- mypass(默认secret:)作为访问LDAP目录的根密码,
- central-archive(默认dcm4chee-arc:)作为存档设备名称,
- CENTRAL(默认:)作为存档的DCM4CHEE主要应用程序实体标题,
- central-archive(默认127.0.0.1:)作为存档的主机名,
- 10104(默认11112:)作为DICOM连接到存档的侦听端口,
- 12575(默认2575:)作为Archive的HL7接收器的监听端口,
- /storage/fs1(默认:)/opt/wildfly/standalone/data/fs1作为目录的路径 - 归档容器的内部 - 归档存储收到DICOM对象的位置。
此处移除了官方的时间时区绑定参数
-v /etc/timezone:/etc/timezone:ro
,因为在Centos,此参数回到如下错误,即时区绑定问题:
docker: Error response from daemon: OCI runtime create failed: container_linux.go:348: starting container process caused "process_linux.go:402: container init caused \"rootfs_linux.go:58: mounting \\\"/etc/timezone\\\" to rootfs \\\"/var/lib/docker/overlay2/0aea67b9ced0e403f88d6e2185f93848c3810c8ff5f5052811225b13d8611731/merged\\\" at \\\"/var/lib/docker/overlay2/0aea67b9ced0e403f88d6e2185f93848c3810c8ff5f5052811225b13d8611731/merged/etc/timezone\\\" caused \\\"not a directory\\\"\"": unknown: Are you trying to mount a directory onto a file (or vice-versa)? Check if the specified host path exists and is the expected type
3.开启PostGres DB 实例
docker run --network=dcm4chee_default --name db \
-p 5432:5432 \
-e POSTGRES_DB=pacsdb \
-e POSTGRES_USER=pacs \
-e POSTGRES_PASSWORD=pacs \
-v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \
-v /var/local/dcm4chee-arc/db:/var/lib/postgresql/data \
-d dcm4che/postgres-dcm4chee:10.0-12
此命令创建一个名为db 的PostGres数据库实例,参数说明如下:
- name 容器实例名称
- p 容器和宿主机映射端口
- POSTGRES_DB 数据库实例名
- POSTGRES_USER 数据库用户名
- POSTGRES_PASSWORD 数据库密码
- -v 绑定数据库宿主数据文件位置,保证容器结束数据不丢失。
本地电脑访问docker PostGres 数据库,因为数据库端口已经被映射出来,所以可以直接访问宿主机,本人的宿主机是一台虚拟机,通过nat转换的,因此填写虚拟机IP就可以访问了,访问信息截图如下:
访问截图
tips:
如果无法开启容器服务,请手动查找占用端口情况,查询端口占用命令如下:
[root@localhost ~]# netstat -ntlp
Active Internet connections (only servers)
Proto Recv-Q Send-Q Local Address Foreign Address State PID/Program name
tcp 0 0 0.0.0.0:3306 0.0.0.0:* LISTEN 2417/mysqld
tcp 0 0 0.0.0.0:111 0.0.0.0:* LISTEN 1/systemd
tcp 0 0 0.0.0.0:80 0.0.0.0:* LISTEN 4181/nginx: master
tcp 0 0 127.0.0.1:5941 0.0.0.0:* LISTEN 2681/teamviewerd
tcp 0 0 192.168.122.1:53 0.0.0.0:* LISTEN 3133/dnsmasq
tcp 0 0 0.0.0.0:22 0.0.0.0:* LISTEN 1027/sshd
tcp 0 0 127.0.0.1:631 0.0.0.0:* LISTEN 1026/cupsd
tcp 0 0 127.0.0.1:5432 0.0.0.0:* LISTEN 1608/postmaster
tcp 0 0 127.0.0.1:25 0.0.0.0:* LISTEN 2195/master
tcp 0 0 127.0.0.1:32000 0.0.0.0:* LISTEN 3651/java
tcp 0 0 127.0.0.1:32001 0.0.0.0:* LISTEN 3666/java
tcp 0 0 127.0.0.1:32002 0.0.0.0:* LISTEN 3702/java
tcp 0 0 127.0.0.1:32003 0.0.0.0:* LISTEN 3744/java
tcp 0 0 127.0.0.1:32004 0.0.0.0:* LISTEN 3745/java
tcp 0 0 127.0.0.1:32005 0.0.0.0:* LISTEN 3743/java
tcp6 0 0 192.168.43.50:11111 :::* LISTEN 3666/java
tcp6 0 0 192.168.43.50:11113 :::* LISTEN 3702/java
tcp6 0 0 :::111 :::* LISTEN 1/systemd
tcp6 0 0 :::22 :::* LISTEN 1027/sshd
tcp6 0 0 ::1:631 :::* LISTEN 1026/cupsd
tcp6 0 0 ::1:5432 :::* LISTEN 1608/postmaster
tcp6 0 0 ::1:25 :::* LISTEN 2195/master
tcp6 0 0 :::389 :::* LISTEN 18444/docker-proxy
可以看到 5432 TCP端口已被占用,强制干掉占用端口进程,后重新启动容器
[root@localhost ~]# kill -9 1608
[root@localhost ~]# docker start db
db
此时容器正常启动且可以通过工具访问PostGres数据库了。
4.使用已部署的dcm4che Archive 5应用程序启动Wildfly
将已部署的dcm4che Archive 5应用程序提供Wildfly的容器启动到创建的网络中,例如:
docker run --network=dcm4chee_default --name arc \
-p 8080:8080 \
-p 8443:8443 \
-p 9990:9990 \
-p 11112:11112 \
-p 2575:2575 \
-e POSTGRES_DB=pacsdb \
-e POSTGRES_USER=pacs \
-e POSTGRES_PASSWORD=pacs \
-e WILDFLY_WAIT_FOR="ldap:389 db:5432" \
-v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \
-v /var/local/dcm4chee-arc/wildfly:/opt/wildfly/standalone \
-d dcm4che/dcm4chee-arc-psql:5.12.0
参数说明如下:
-p 8080:8080 \
-p 8443:8443 \
-p 9990:9990 \
-p 11112:11112 \
-p 2575:2575 \
将Web服务器的http(8080)和https(8443)端口以及9990WildFly管理控制台的http端口(11112)和2575存档应用程序的DICOM和HL7端口从容器发布到主机,以启用外部https客户端,DICOM应用程序和HL7发件人连接到WildFly和Archive应用程序。
环境变量:
-e POSTGRES_DB=pacsdb \
-e POSTGRES_USER=pacs \
-e POSTGRES_PASSWORD=pacs \
设置数据库名称,用户及其密码以连接到PostgreSQL服务器,这些服务器必须与为PostgreSQL服务器容器指定的值相匹配。否则,存档应用程序将无法连接到PostgreSQL服务器。
如果您设置环境变量LDAP_BASE_DN,LDAP_ROOTPASS或ARCHIVE_DEVICE_NAMELDAP服务器容器,你必须设置环境变量也为存档容器。否则,存档应用程序将无法连接到LDAP服务器,或者无法在LDAP目录中找到其配置。
-e WILDFLY_WAIT_FOR="ldap:389 db:5432" 延迟WildFly的启动,直到OpenLDAP slapd和PostgreSQL在指定端口上侦听,这样可以防止在OpenLDAP slapd和PostgreSQL准备好接受连接之前由于归档应用程序连接到LDAP和PostgreSQL失败而导致所有容器重新启动时出错。
绑定安装-v /var/local/dcm4chee-arc/wildfly:/opt/wildfly/standalone需要注意将Wildfly服务器配置存储在指定的主机目录中。它在第一个容器启动时初始化,如果它尚未存在于指定的主机目录中。这可确保在删除和重新创建Archive Server容器时数据不会丢失。
如果存档成功启动,请检查宿主机Wildfly服务器日志:
$ tail -f /var/local/dcm4chee-arc/wildfly/log/server.log
2017-09-03 20:34:38,934 INFO [org.wildfly.extension.undertow] (ServerService Thread Pool -- 64) WFLYUT0021: Registered web context: /dcm4chee-arc
2017-09-03 20:34:38,934 INFO [org.wildfly.extension.undertow] (ServerService Thread Pool -- 73) WFLYUT0021: Registered web context: /dcm4chee-arc/ui2
2017-09-03 20:34:38,934 INFO [org.wildfly.extension.undertow] (ServerService Thread Pool -- 81) WFLYUT0021: Registered web context: /dcm4chee-arc/xdsi
2017-09-03 20:34:39,219 INFO [org.dcm4che3.net.Connection] (EE-ManagedExecutorService-default-Thread-1) Start TCP Listener on /0.0.0.0:2575
2017-09-03 20:34:39,219 INFO [org.dcm4che3.net.Connection] (EE-ManagedExecutorService-default-Thread-2) Start TCP Listener on /0.0.0.0:11112
2017-09-03 20:34:39,253 INFO [org.jboss.as.server] (ServerService Thread Pool -- 37) WFLYSRV0010: Deployed "dcm4chee-arc-ear-5.12.0-psql.ear" (runtime-name : "dcm4chee-arc-ear-5.12.0-psql.ear")
2017-09-03 20:34:39,399 INFO [org.jboss.as] (Controller Boot Thread) WFLYSRV0060: Http management interface listening on http://0.0.0.0:9990/management
2017-09-03 20:34:39,399 INFO [org.jboss.as] (Controller Boot Thread) WFLYSRV0051: Admin console listening on http://0.0.0.0:9990
2017-09-03 20:34:39,399 INFO [org.jboss.as] (Controller Boot Thread) WFLYSRV0025: WildFly Full 10.1.0.Final (WildFly Core 2.2.0.Final) started in 9354ms - Started 2464 of 2849 services (647 services are lazy, passive or on-demand)
5.使用dcmTools工具进行发图测试
docker run --rm --network=dcm4chee_default dcm4che/dcm4che-tools:5.10.5 storescu -c DCM4CHEE@arc:11112 /opt/dcm4che/etc/testdata/dicom
你也可以通过其他发图工具如Efilm workStation,dcm4che 工具进行发图测试,
值的说明的是docker启动的默认参数如下:
AETtile:DCM4CHE
Port:11112
IP:docker 容器IP[本实例为docker创建的arc 容器IP]
访问地址:http://192.168.43.50:8080/dcm4chee-arc/ui2/#/studies
发图成功后,访问DICOM归档管理界面,截图如下:
到这一步就完成了所有的归档服务的搭建,是不是很简答呐!
备注信息
Web Service URLs
Archive UI: http://:8080/dcm4chee-arc/ui2 - if secured, login with
Username | Password | Role |
---|---|---|
user | user | user |
admin | admin | user + admin |
Wildfly Administration Console: http://:9990, login with Username: admin, Password: admin.
DICOM QIDO-RS Base URL: http://:8080/dcm4chee-arc/aets/DCM4CHEE/rs
DICOM STOW-RS Base URL: http://:8080/dcm4chee-arc/aets/DCM4CHEE/rs
DICOM WADO-RS Base URL: http://:8080/dcm4chee-arc/aets/DCM4CHEE/rs
DICOM WADO-URI: http://:8080/dcm4chee-arc/aets/DCM4CHEE/wado
IHE XDS-I Retrieve Imaging Document Set: http://:8080/dcm4chee-arc/xdsi/ImagingDocumentSource
6.停止服务和容器
# docker kill arc
# docker kill ldap
# docker kill db