预印 | DNA纳米球空间转录组测序

文献信息：
标题：Large field of view-spatially resolved transcriptomics at nanoscale resolution
中文：纳米级分辨率的大视野空间分辨转录组学
短标题：DNA nanoball stereo-sequencing / DNA纳米球空间测序
单位：BGI深圳
时间：2021.1.17

摘要：
原位基因表达的高通量分析代表了对组织复杂性的系统理解的重大进展。在具有足够捕获面积和高样品通量的情况下应用，将有助于定义组织和生物体中基因表达的时空动态。然而，当前的技术具有相当大的瓶颈，限制了广泛的应用。在这里，我们结合了DNA纳米球（DNB）模式的阵列芯片和原位RNA捕获技术，开发了Stereo-seq（时空增强分辨分辨率Omics测序）。这种方法可以以前所未有的（纳米级）分辨率对组织切片进行高通量的转录组分析，其面积可扩展至厘米级，高灵敏度和均一的捕获率。作为原理证明，我们将Stereo-seq应用于成年小鼠的大脑和E11.5和E16.5小鼠胚胎的矢状切面。凭借其独特的功能和对其他修饰的适应性，Stereo-seq可以为组织和生物体的系统化空间分辨组学表征铺平道路。

1 stereo-seq图示

2 stereo-seq从复杂组织中捕获RNA的改善

3 时空组测序以前所未有的分辨率解析小鼠大脑转录组结构

4 stereo-seq重建发育中的小鼠胚胎的时空基因表达动态

sup1 stereo-seq芯片大小和重复率评估（图2）

sup2 stereo-seq的稳健性（图2）

sup3 不同技术检测的小鼠嗅球表达热图（图2）

sup4 stereo-seq检测不同的小鼠大脑解剖结构（图3）

sup5 stereo-seq检测小鼠胚胎在不同发育阶段的结构

sup6 stereo-seq解析与小鼠嗅球发育有关的结构特征基因表模式达（图4）

sup7 stereo-seq发现小鼠嗅球发育动态基因表达模式

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