python、R 等学习杂记

1、bowtie2比对时可以设置日志文件，命令行最后加上' > log '

2、bowtie2参数 ' -u ' 只比对前个reads或者pairs，如 '-u 10000'则比对的是前10000行的序列

3、需要安装一些HiCPro相关的一些python包，直接找到官网，下载适应自己系统的压缩包，然后使用 'pip install 压缩包路径' 就可以安装了

具有setup.py的软件安装

于setup.py所在目录下打开终端输入以下命令：

$ python setup.py install

R包和python包信息查询

R

1、installed.packages() 可查看已安装的所有包信息

2、help(package="ggplot2") 可查看特定包信息

Python：pip list

linux终端的python2和python3环境自由切换！

采用update-alternatives 切换版本

1、打开终端：Ctrl+Alt+T

2、查看update-alternatives的帮助信息：update-alternatives --help

3、查看有没有python可选项：update-alternatives --display python

4、如果没有，输入下面的命令建立python可选项

$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2.7 2

$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.5 1

5、切换python版本：

sudo update-alternatives --config python

6、希望删除某个可选项：sudo update-alternatives --remove python /usr/bin/python2.7

7.参考链接：这里和这里