sra toolkit 下载、安装和使用

1.官网下载压缩包

wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

2.解压缩

tar xzvf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

mv sratoolkit.2.9.2-centos_linux64 ~/local/app/             #移动到指定文件夹

cd ~/local/app/        #进入本地程序安装路径

mv sratoolkit.2.9.2-centos_linux64  sratoolkit          #去掉版本号是为了避免因升级而需要修改配置文件

3.配置条件

cd xxx/xxx/sra_toolkit/bin       #进入路径bin下

./ vdb-config --interactive       #开始配置条件（一定要记得 ./  ）

#配置为如图所示

然后按下s保存信息退出

输入fastq-dump      #查看配置是否成功

4.添加环境变量

vi ~/.bashrc          #用vi/vim编辑器修改bashrc文件

i                            #由command line进入insertionline

exportPATH=$PATH:/home/urname/local/app/sratoolkit/bin

ESC, :wq              #退出vi编辑器并保存文件

source ~/.bashrc   #让配置生效

export PATH=$PATH:/home/urname/local/app/sratoolkit/bin       #临时使用环境

5.下载二代数据

prefetch SRRxxxxxx    #开始下载二代数据

6.双端测序拆分

fastq-dump --split- files --gzip SRR824846  #对SRR文件进行拆分，得到两个fastaq格式的压缩包

参考

SRA Toolkit安装以及配置流程

SRA Toolkit 的下载和使用

Fastq-dump使用