新服务器，流程部署-Part1

新服务器来了，要把肿瘤的流程部署到这。虽然已经有了一些命令以及reference，至不是一台裸机，但还是缺少太多命令以及软件了。那就一个个安吧。

cmake：

下载：https://cmake.org/download/

选择linux平台未编译的：

tar zxvf cmake-3.19.0-rc2.tar.gz

cd cmake-3.19.0-rc2/

./bootstrap

make

make install

razers3:

git clone https://github.com/seqan/seqan.git

mkdir seqan/buld; cd seqan/build

cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release

make razers3

cp bin/razers3 /usr/bin/

jellyfish：

下载了jellyfish-2.3.0.tar.gz

tar zxvf jellyfish-2.3.0.tar.gz

./configure

make

make install

基本上都是按照README来安装的。

htop: 参照：https://blog.csdn.net/ffzhihua/article/details/84959911?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522160436818719195264738175%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=160436818719195264738175&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~first_rank_v2~rank_v28-3-84959911.pc_search_result_cache&utm_term=htop+%E5%AE%89%E8%A3%85&spm=1018.2118.3001.4449

fastp:

下载：fastp-master.zip

unzip fastp-master.zip

cd fastp-master/

make

make install

samtools 根据提示直接安

OptiTypePipeline

把以前安的整个目录都拷过来，按照README把所需要的的包都安了。测试，报错：

因为忘记修改config.ini文件了，修改里面的razers3路径

重新测试。

报错：

因为没有安glpsol，那就安吧。按照提示安装：

重新跑HLA分型，还是有报错。但分型结果有。且与之前一致。

安装convmv （这个主要是用于报告中文字符转码）

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Mutscan：把以前的整个目录都拷过来，之前做了一些个性化的head文件，直接用

R都没有安，开始安R。。。

下载：https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.6.3.tar.gz（没下载最新的）

参考：https://blog.csdn.net/wjxydzxxyy/article/details/50477520

安装相应的包。