数据原理——1、ChIP-seq

文章目录

    • 1、背景介绍
    • 2、测序对象:三种类型组蛋白(组蛋白、转录因子、转录调控子)
    • 3、测序原理
    • 4、检测蛋白质与DNA序列的结合峰
        • (1)测序片段匹配到参考基因组
        • (2)检测峰
        • (2)提高峰质量
    • 5、影响ChIPseq测序结果的因素
        • (1)免疫共沉淀的影响
        • (2)测序的影响
        • (3)酶断裂方法和超声波打断的影响


ChIP-seq(研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法)

1、背景介绍

ChIP-seq测序方法:

  • ChIP 指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)
  • seq 指的是二代测序方法(ChIP-seq比ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围)

作用: 识别蛋白质与DNA互相作用情况

原理: 染色质免疫共沉淀 + 二代测序

应用: 常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究

2、测序对象:三种类型组蛋白(组蛋白、转录因子、转录调控子)

组蛋白与DNA的结合是结构性的,结合强度非常大,分度高,是最容易做的蛋白
TF直接与DNA结合,有序列特异性,比较短,只有几个bp,TF与DNA的结合牢固度,弱于组蛋白
转录调控子:不直接和DNA互作,与TF或组蛋白互作,和DNA间接结合在一起,容易在交联剂上脱落(第一步),通常作为大蛋白复合体中的一员起作用,表面抗原容易被蛋白复合体中的其他蛋白组分所阻挡,从而影响抗体的富集(第二步)。

  • 交联时间
    • 研究表明

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