数据原理——1、ChIP-seq

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ChIP-seq（研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法）

1、背景介绍

ChIP-seq测序方法：

• ChIP 指染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）
• seq 指的是二代测序方法（ChIP-seq比ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围）

作用： 识别蛋白质与DNA互相作用情况

原理： 染色质免疫共沉淀 + 二代测序

应用： 常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究

2、测序对象：三种类型组蛋白（组蛋白、转录因子、转录调控子）

①组蛋白与DNA的结合是结构性的，结合强度非常大，分度高，是最容易做的蛋白
②TF直接与DNA结合，有序列特异性，比较短，只有几个bp，TF与DNA的结合牢固度，弱于组蛋白
③转录调控子：不直接和DNA互作，与TF或组蛋白互作，和DNA间接结合在一起，容易在交联剂上脱落（第一步），通常作为大蛋白复合体中的一员起作用，表面抗原容易被蛋白复合体中的其他蛋白组分所阻挡，从而影响抗体的富集（第二步）。

• 交联时间
  • 研究表明