学习小组Day3笔记--Jeremy

Linux软件管理工具conda

conda 相当于Linux的应用商城
特点：方便快捷
日常生信分析使用miniconda即可满足

下载及安装miniconda

1. 下载
   1.1 进入 清华的conda镜像网站
   1.2 查看自己服务器版本信息：uname -a
   1.3 复制最新版本下载链接：版本：Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh;
   链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   1.4 进入biosoft目录：cd biosoft
   1.5 下载miniconda：wget 链接

2. 安装
   2.1 使用上述步骤下载的脚本安装miniconda：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   (出现版本信息按回车跳过，程序指令让你enter就enter，让你yes就yes)

安装过程

程序指令

2.2 激活：source ~/.bashrc

激活

2.3 添加镜像（解决国内下载速度慢问题）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

miniconda 的使用

1.安装软件

1.1 查看已安装的软件列表：conda list

软件列表

1.2 搜索conda软件（以fastqc为例）：conda search fastqc

fastqc软件信息

1.3 安装fastqc软件： conda install fastqc -y （若需指定版本：conda install fastqc=0.11.7 -y）

安装fastqc过程

1.4 卸载软件：conda remove fastqc -y

2.conda环境

在不同的项目处理过程中，可能存在对同一软件的不同版本需求，在conda中针对不同项目创建不同的环境，可以针对性地安装不同版本软件，从而实现互不干扰。

2.1 查看当前conda环境：conda info --envs

当前conda环境

2.2 创建名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic：

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

创建过程

conda环境中增加了rna-seq

2.3 激活新的环境：conda activate rna-seq

激活环境（*出现在rna-seq行表明激活）

2.4 退出当前环境 ：conda deactivate

退出当前环境