GDCRNATools简介

简介

这是2018年发表在bioinformatics上的R包。文章地址：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/14/2515/4917355
首先，这个R包的功能还是比较强大的，GDC是Genomic Data Commons的简写，这个包的主要功能是可以分析ceRNA的调节网络
其次这个包可以分析RNA-seq的基本流程

这个包常用于TCGA的数据分析，所以目前很多例子都是利用TCGA的数据进行计算的，但是GDCRNATools不仅限于TCGA的分析，由于相关教程以及比较多了，所以我就不良飞资源了
这里贴几个博客（非商业用途）：

1. https://www.jianshu.com/p/85172845fe5c
2. https://www.jianshu.com/p/b0d7e60ae438
3. https://www.jianshu.com/p/023a26e94282
4. https://www.jianshu.com/p/16e8a0334571
5. 说明文档http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/manuals/GDCRNATools/man/GDCRNATools.pdf

基本原理

首先，该R包与StarBase v2.0， miRcodeal.*, 2012] 和 mirTarBase 7.0这几个miRNA-mRNA相互作用的数据库相连接
以及与StarBase v2.0， miRcode和spongeScan这三个miRNA-lncRNA相互作用的数据库相连接

在这里，我们简单介绍下什么是ceRNA。ceRNA又称为内源竞争RNA，值得注意的是，ceRNA并不是特指某种RNA，它包括ncRNA，circRNA或者miRNA，它们之间相互竞争，去调控转录
比方说，miRNA与lncRNA竞争，那么miRNA就作为lncRNA的ceRNA（竞争性RNA）

那么有关miRNA与lncRNA竞争的程度，作者利用regulation similarity来衡量，注意这里的相关性是用lncRNA，miRNA和mRNA的表达矩阵进行计算的，来计算lncRNA，miRNA和mRNA每个具体基因间的相关性

其中M代表的是所有参与竞争的miRNA总数，corr(mk,l)和corr(mk,g)分别代表着第k个miRNA 和 lncRNA的相关性以及第k个miRNA 和 mRNA的相关性

用sensitivity correlation来衡量lncRNA和mRNA的相关系数与lncRNA，miRNA和mRNA偏相关系数的差异，其中corr(l,g)代表lncRNA与mRNA的相关性

参考文献：
《Computational analysis identifies a sponge interaction network between long non-coding RNAs and messenger RNAs in human breast cancer》https://bmcsystbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1752-0509-8-83