文献笔记七十七：鉴定lncRNA的工具—LGC

论文题目

Characterization and identification of long non-coding RNAs based on feature relationship
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/17/2949/5288512?login=true

本地文件名 btz008.pdf

我是在看到的这个工具的介绍

一款简单好用的lncRNA预测工具：LGC

链接是

https://www.jianshu.com/p/4771abde0e45

工具有网页版和本地版，网页版对上传的文件大小有限制

网页版链接

https://bigd.big.ac.cn/lgc/calculator

试了一下两条序列速度还是很快的

image.png

结果以表格的形式给出，还挺好理解的

本地版下载链接

https://bigd.big.ac.cn/biocode/tools/BT000004

需要python2.7和biopython

直接使用conda安装吧，首先新建一个虚拟环境

conda create -n LGC python=2.7

激活虚拟环境

conda activate LGC

安装biopython

conda install biopython

解压软件

tar -zxf LGC-1.0.tar.gz

将在线版的两条序列复制到文件里，作为示例数据运行试试

用起来很简单，直接指定输入数据和输出文件就可以

python LGC-1.0.py LGC_example.fasta output.txt

image.png

之前还有一个软件叫 NAMS webserver: coding potential assessment and functional annotation of plant transcripts

可以将多个软件的预测结果综合起来

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