基于Ubuntu子系统配置Snakemake及搭建简易分析流程

下载Conda参考帖子

mkdir src
cd src
# 下载镜像
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.3.27-Linux-x86_64.sh
# 安装
bash Miniconda3-4.3.27-Linux-x86_64.sh
# 后续就不断的yes就行了。
# 配置
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

下载Snakemake并为其设置虚拟环境 参考帖子

wget https://bitbucket.org/snakemake/snakemake-tutorial/get/v3.11.0.tar.bz2
tar -xf v3.11.0.tar.bz2 --strip 1
cd snakemake-snakemake-tutorial-623791d7ec6d
conda env create --name snakemake-tutorial --file environment.yaml
source activate snakemake-tutorial
# 退出当前环境
source deactivate