SRA toolkit下载数据

1.sra toolkit 的安装

首先在ncbi下载对应系统的sratoolkit安装包，解压之后添加到环境变量。

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
#添加环境变量
 echo 'export export PATH=$PATH:/yourpath/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc

2.查看prefetch是否成功安装

prefetch -h

3.使用sratoolkit中的prefetch进行数据下载

#单个数据
prefetch SRR000001

#多个数据：Run in the list of Runs:

prefetch --option-file SraAccList.txt

SraAccList.txt looks like this:
SRR11192680
SRR11192681
SRR11192682
SRR11192683
SRR11192684

获得批量下载SraAccList.txt文件的方法：选择SRA Run selector, 进入以下界面，选择想要的数据，点击 Accession List，下载SraAccList.txt 文件。

4.SRA format to fastq

fastq-dump --split-files SRR11180057.sra
fastq-dump --split-files SRR11180057

#直接下载原始的fastq
prefetch --type fastq SRR11180057

参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sradownload/