Linux系统环境与变量

• Linux 系统环境

• 变量

Linux 系统环境

文件系统结构

• 文件系统结构：一切皆文件（软件，命令，文本或是文件夹）

生信技能树小郭老师的课件图-文件系统结构

普通用户一般不会操作以下的文件夹，即使是管理员一般也很少操作以下的文件夹。普通用户一般只在自己的家目录操作，认清自己的家目录（Jan22）就可以:

/ 虚拟目录的根目录。通常不会在这里存储文件
/bin 二进制目录，存放许多用户级的GNU工具
/boot 启动目录，存放启动文件
/dev 设备目录，Linux在这里创建设备节点
/etc 系统配置文件目录
/home 主目录，Linux在这里创建用户目录
/lib 库目录，存放系统和应用程序的库文件
/media 媒体目录，可移动媒体设备的常用挂载点
/root root用户的主目录
/sbin 系统二进制目录，存放许多GNU管理员级工具
/run 运行目录，存放系统运作时的运行时数据
/tmp 临时目录，可以在该目录中创建和删除临时工作文件
/usr 用户二进制目录，大量用户级的GNU工具和数据文件都存储在这里

Linux系统

一般有4个主要部分：内核、shell、文件系统和应用程序。
内核、shell和文件系统一起形成了基本的操作系统结构，它们使得用户可以运行程序、管理文件并使用系统。
• 内核是操作系统的核心，具有很多最基本功能，它负责管理系统的进程、内存、设备驱动程序、文件和网络系统，决定着系统的性能和稳定性。
shell是一种应用程序，为用户提供操作界面，是用户与内核进行交互操作的接口。
shell也是一门编程语言（脚本编程）

生信技能树小郭老师的课件图-Linux系统

查看系统资源

查看CPU信息：lscpu
查看内存信息：free -h
查看硬盘信息：df -h
查看文件大小：du -h -d 1查看文件大小：du -h -d 1
查看系统进程：top（htop）或者 ps -ef 或者 jobs

du -h miniconda3
##查看miniconda3有多大，递归性去查，把地层的文件都给罗列出来
du -h -d 1 miniconda3
##列出一层，1是数字的1，不是L的小写
du -sh
##也可以直接查看

##查看系统进程
top
##打开一个窗口，显示正在运行的程序，类似windows的任务管理器
##按q退出
 htop
##显示更美观
##按q退出
 ps -ef 
 ##把服务器上所有正在运行的命令，程序都展示出来
 
ps -ef | grep Jan22
##一般只关心自己运行的程序

用top命令查看系统进程

top命令查看实时进程

htop命令显示更美观

htop命令直观展示

ps -ef命令

ps -ef展示所有正在运行的程序

查看自己运行的程序

ps -ef | grep Jan22

查看自己的运行程序

一般只要登录服务器，系统会自动帮我们运行一些程序。

补充知识

挂载物理硬盘

mount /dev/sda /trainee/Jan22
##挂载在上，原来的文件就不见了
##马哥linux课程，教怎么管理服务器，linux基础与shell脚本编程，鸟哥linux编程（台湾人）
#至少学半年以上才可以管理Linux

（初学者不适合去管理服务器，管理服务器要学习对应的管理方法。）

变量

Linux的变量有：环境变量，位置参数变量、状态变量、自定义变量。

环境变量、状态变量、位置参数变量、自定义变量，在调用变量时，要在变量前面加一个 $符号

环境变量：用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量（如$PATH）;

状态变量：用于记录命令的运行结果（如果正确运行，状态变量为0，如果运行错误，状态变量为非零）;

位置参数变量：用于用于向命令或程序脚本中传递信息（传参）;

自定义变量：由用户自行定义的变量，可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等。

自定义变量

由用户自行定义的变量，可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等，用等于号=来赋值（注：= 前后不要有空格）。在Linux里面，空格是一个字符，有无空格是天壤之别。

a=gene
a
##linux不识别a这个变量，linux格式：命令 [参数] 文件

变量前后有无$区别

echo打印变量前有无$的区别

echo 'This is a $a'
##This is a $a
echo "This is a $a"
#This is a gene
#单引号：变量不会被解释
#双引号：变量被解释

单双引号的区别

单双引号的区别

单引号：变量不会被解释
双引号：变量被解释

在用sed，awk的时候，script的部分都用单引号。

环境变量

用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量。

• 常见环境变量：

$HOME：当前用户的主目录；

$PATH：shell查找命令的目录列表，由冒号（:）分隔。(最主要的环境变量，它保存的信息是几个路径，路径里面的工具是随时随地可以调用，安装软件要涉及到PATH变量)；

$SHELL：bash shell的全路径名；

$LOGNAME：当前用户的登录名；

$PS1：shell命令行界面的主提示符；

$PS2：shell命令行界面的次提示符。

echo：①打印字符串②打印变量的值，变量调用要加$

echo $HOME
##记录每个人的家目录
echo $PS1
##命令行配色
source ~/.bashrc
##激活~/.bashrc

需要注意的是~/.bashrc和PATH的关系，PATH与变量之间的关系。

~/.bashrc：系统配置文件，包含专用于你的bash shell 的bash信息、设置，每次登录或打开新的shell 时，该文件会被自动读取和执行。

$PATH：输入命令时Linux会去查找PATH里面记录的路径，如果命令存在某一个路径中，就可以成功调用。

状态变量

用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量

状态变量	作用
$?	获取执行上一个指令的执行状态返回值，返回0表示 上一个命令或者程序执行成功，返回的值为非0则表 示上一个命令执行失败。
$$	获取当前执行的shell脚本的进程号PID。
$!	获取上一个后台工作的进程的进程号PID。
$_	获取在此之前执行的命令或脚本的最后一个参数。

#####$?非常重要
ls
echo $?
##ls执行成功返回0

$?的用法

不成功的例子

sodjfa
##随便输如的命令（或是输入错的命令）
echo $?
#127
##上一句命令不成功，$?就会出现非零的参数，

$符号演示

位置参数变量

用于向命令或程序脚本中传递信息。

位置参数变量	作用
$n	n 为数字，$0 代表命令本身，$1〜$9 代表第 1〜9 个参数， 10 以上的参数需要用大括号包含， 如${10}
$*	`这个变量代表命令行中所有的参数，把所有的参数看成一个 整体
$@	这个变量也代表命令行中所有的参数，不过 $@ 把每个参数 区别对待
$#	这个变量代表命令行中所有参数的个数

$n非常重要

说明

以上内容是听生信技能树小郭老师授课内容以及参考课件。