单细胞类型鉴定总结

细胞类型鉴定

细胞类型鉴定分两种思路
一种是基于Marker gene， 看某个亚群的差异基因（one to others）与数据库中哪种细胞类型的 marker gene 比较一致，结合其表达量来鉴定细胞类型。常见 marker gene 数据库有：CellMarker、Mouse Cell Atlas、cd_marker_handbook、PanglaoDB等。
另外一种是基于表达谱，用未知细胞类型的表达谱与已知细胞类型的表达谱做相关性分析，相关性高即鉴定为这类细胞。或者基于使用模型预测，常见的随机森林，支持向量机。

CellMarker

使用CellMarker网站http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.jsp查询某类型细胞标志基因，也可以查询基因所标志的细胞类型。统计各聚类marker gene在CellMarker网址细胞类型中出现的频次，在频次较高几个细胞类型中进一步确定。

singleR

使用singleR包对细胞类型预测，singleR能够与seurat包完美结合，使用比较方便。

CHETAH

使用CHETAH包，使用自带参考数据预测细胞类型。也可以下载文献中数据，整合成CHETAH包需要的数据结构，seurat包处理的数据也可以预测。其准确率与singleR不相上下，甚至高一点。

Celaref

通过与已知细胞类型的参考数据集的相似度进行比较。输入每个细胞中每个基因的reads counts数和每个细胞所属的簇信息，和每个查询组中最明显富集的基因的参考样本比较，通过排名来匹配细胞类型
链接：https://www.jianshu.com/p/9c4bb79db292

结合文献以及先验知识

结合一些文献里面各预测类群的marker gene在目标类群里面的表达情况进行分类

总结

目前并没有统一的细胞类型鉴定方法，我们不要太纠结与算法工具。需要结合文献以及先验知识，辅助工具包验证细胞类型。