2020-12-01 CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activa...

conda 切换环境以前是source
更新后变成了 conda
但是更新后有个问题，就是当你把conda写进shell里，会报错：

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init 

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

直接运行，不写到shell里倒是没问题。不过装了很多软件后，早就忘了哪些软件是用conda装的了，这时就需要我们把conda包装到脚本里，让运行时自己运行conda，这样busco就是我们包装后的脚本了：

#run busco
#!/usr/bin/bash
conda activate busco
export AUGUSTUS_CONFIG_PATH="/biosoft/anaconda2/envs/busco/config"
export BUSCO_CONFIG_FILE="/biosoft/anaconda2/envs/busco/config/config.ini"
/biosoft/anaconda2/envs/busco/bin/busco_run $@

看来这个报错是一定要解决的，在网上看了很多方式，比如先source activate、加环境变量等等，对于目前的conda来说都已经无效了。
最后还是在github上的一个方法解决了：https://github.com/facebookresearch/demucs/issues/18
就是找到你的conda.sh，然后source一下，相当于重置当前conda的环境变量

#!/usr/bin/bash
source /biosoft/anaconda2/etc/profile.d/conda.sh
conda activate busco
... ...

解决。