在线作图|微生物多样性分析——稀释曲线

稀释曲线

稀释曲线(Rarefaction Curve，也称稀疏曲线)：一般在微生物组研究中用于评估测序量或样本量的饱和情况。稀释曲线通过从每个样本中随机抽取一定数量的序列（即在不超过现有样本测序量的某个深度下进行重新抽样），可以预测在一系列给定的测序深度下，所可能包含的物种总数及其中每个物种的相对丰度。因此，通过绘制稀释曲线，还可以在相同测序深度下，通过比较样本中ASV/OTU数的多少，从而在一定程度上衡量每个样本的多样性高低。

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如何不使用R绘制稀释曲线？

云图图（https://www.cloudtutu.com/#/index），操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（已经为大家填好了），输入验证码后即可登录，无需注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部工具）里找到稀释曲线，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作，即可在2分钟内获得一张稀释曲线~
话不多说，我们开始行动吧~

Step 01 上传文件
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵（形式参照示例数据，如微生物物种丰度表）；
b)表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU等；
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

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Step 02 参数设置
2.1 方法选择：提供Richness、Chao1、Ace、Shannon、Simpson、gc(goods_coverage)、Pielou等指数计算选择
2.2 类型选择：line(线)、ponit(点)绘图类型选择
2.3 图片宽度：按需自行设置
2.4 图片高度：按需自行设置
2.5 筛选样本：选择需要绘图的样本

Step 03 下载文件
点击“运行”开始作图，点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

Step 04 作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。