Aspera下载SRA文件

Aspera用法如下：

Usage: ascp [参数] 目标文件 保存路径

一、 Aspera下载一个SRA文件

Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列

mkdir ~/Seqs

Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹

ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh  -k 1 -l 200m [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra ~/Seqs/

二、 Aspera批量下载SRA文件

很多时候需要同时下载多个SRA文件，ascp命令提供参数--file-list，用于批量下载SRA文件。

Step 1：建立SRA文件路径列表文件sra_list.txt

nano ~/Seqs/sra_list.txt

输入以下两行文本：

/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR623/SRR6232298/SRR6232298.sra
/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR623/SRR6232299/SRR6232299.sra

按Ctrl+X保存退出

image.png

Step 2：批量下载sra_list.txt列表中的文件

ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -l 200m --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list ~/Seqs/sra_list.txt ~/Seqs/

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100s下载了近700M文件，瞬时最高速度超过60M/s