SRA Toolkit安装以及配置流程

先反思之前的问题：

之前下载了SRA数据后，进行分割，运行如下命令

/home/whu/program_and_files/sratookit.2.10.0/bin/fastq-dump-orig.2.10.0 --split-s /home/whu/mm/SRA/SRR9656395

SRAtoolkit软件会终止或者退出，而且每次生成的fastq文件大小不一，遂放弃SRA数据库，直接使用EBI数据库直接分好的fastq数据，后期sam文件转化不成bam文件，又回过来分析原因

找到一个帖子：

https://www.cnblogs.com/zypiner/p/13187648.html

根据里面的建议和ncbi的官方指导，进行软件配置

重新找该软件原因，发现下面的报错命令

This sra toolkit installation has not been configured.

Before continuing, please run: vdb-config --interactive

For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/

按照提示输入vdb-config --interactive发现是个终端

终端

此时查看ncbi官网的安装介绍

https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit

一步步按照linux的安装流程来，第五步出现上面说的终端行

官网介绍

官方介绍：

可以直接进行２，按下c进入配置信息，这里要提前建好一个空文件夹，用来存放用户的各种命令信息，然后在流程中选择这个文件夹就行

配置后的样子

选择云保存

然后按下s保存信息退出,

这时再输入

fastq-dump

发现配置完成

说明：不同的版本该软件需要重新配置

所以：官方指导才是正途，不要道听途说，人云亦云，人家可能有厉害的师兄师姐早就配置好了

遇到问题即时解决，不要想着跳过，否则后期工作量更大