HTseq计数遇到基因注释只有CDS怎么办

HTseq参数

在HTseq count计数的时候，有一个 -t 参数，后面如果跟着 exon（外显子），那么就是对外显子进行计数，如果跟intron（内含子），那么是对内含子计数

如果有的基因注释比较完善，那么会同时注释到exon和cds，如下图：

这样直接-t exon即可

如果有的基因注释只有cds：

那么你又想看到该基因的表达情况，有一种近似处理就是将cds改成exon，因为cds比exon的长度略短一些，可以做该近似代替。
注意哈，这是一种近似代替