四、函数和R包

生信技能树数据挖掘课程学习笔记

1.函数与参数

（1）形式参数与实际参数 seq(from=3,to=21,by=3)

• 函数seq
• 形式参数from to by，函数作者设计的，熟练后可不写
• 实际参数3 21 3，使用者可改的

（2）写函数的函数

（3）默认参数 作者会设计很多参数，但只有前1~n个是必须填的，其他的参数都有 默认值。

2.R包（R package）介绍

3.R包来源 (1)CRAN网站 (2)Bioconductor (3)github

4.用于R包安装的函数

从哪里来/怎么安

• CRAN：install.packages("stringr")
• Biocductor: BiocManager::install("ggplot2")
• Github:devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee")

安装后需加载 library() require()一次安装，每次打开新的session都要加载

5.（国内）R包安装前需设置镜像

方法1：tools--global option-packages
方法2：代码设置

options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

6.R包安装和使用的逻辑

（1） 安装包→加载包→使用包里的函数 library()是检查是否安装成功的标准

install.packages("stringr")
library(stringr)
str_detect(x,"a") 

（2） 已安装、不加载，直接使用BiocManager::install() dplyr::filter()

包名 ：：函数名，表示显式的指定用某个包里的某个函数， 通常用于实战中仅用一次的函数，也适用于两个包中的函数 名有冲突的情况。

7.常见疑问

（1）大片提示信息 检查是否有error，没有就忽略

（2）package not available 原因1：包名写错 2：安装命令使用错误 3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符

（3）是否更新？ 懒惰策略:能不更新就不更新，除非一直报错。不想回答：安装命令加参数：update = F, ask = F

（4）加载A包，报错B包不存在 问是否更新的、“不存在”的是依赖包

（5）报错中有connection或url、404、http 网络限制了你的进步

满分操作：判断式安装

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

8.R包如何使用—获取帮助

（1）快速查看函数帮助文档 ?max或者help("max") 看描述/参数/实例 example(seq)

（2）找R包介绍页面（CRAN或Bioconductor）

（3）少数R包有cheatsheets