新版galaxy分析流程安装

由于galaxy最近有更新，有更多的功能支持，安装时也有些变化 ，在这里，我分享一下我的经历。

首先克隆galaxy,要获得用于开发的Galaxy，请在克隆后使用默认分支:dev。这是应该针对贡献代码发出拉请求的分支(除非您正在修复Galaxy发行版中的bug)。

$ git clone https://github.com/galaxyproject/galaxy.git
然后阅读设置文件 ，全英文的很多内容，以前安装的时候这些都没怎么看，看了以后，里面的功能真强大，不要用翻译软件。
https://docs.galaxyproject.org/en/master/admin/config.html

做为基础安装，我们首先是要做基础配置的，当然你不做也行，后面会出现比较多的问题。
$ cp config/galaxy.yml.sample config/galaxy.yml
要通过网络访问Galaxy，需要修改config/ Galaxy。通过更改HTTP设置来更改Yml文件。添加以下内容，Galaxy将绑定到端口8080上的任何可用网络接口，而不是本地主机:
gravity:
app_server: gunicorn
gunicorn:
# listening options
bind: '0.0.0.0:8080'
然后我们进行安装操作
sh run.sh
这里面第一次运行的时间会有些长，其实可能会提示你升级配置，需要什么装什么，反复进行中。然后一下午过去了，终于成功了。
我在服务器上运行，127.0.0.1：8080.返回成功

1670068001016.png

到这里以为成功了，但是我们要进行运程操作，发现还是运行不了，这个在说明配置文件里没有讲，我估计是防火墙端口没打开。打开一下。成功了。

firewall-cmd --add-port=8080/tcp --permanent

firewall-cmd --reload