生信步骤|Orthofinder寻找直系同源基因

在探究功能基因的时候,我们经常需要对所研究的基因/蛋白质进行聚类分组,逐个类群探究蛋白功能。创建同源群可以采用Otrhofinder软件,该软件安装方便,运行快速,调用简单,可以说是构建同源群的神器。从OrthoFinder2.4.0版本开始,同源群的划分给予有根树的层次,这种划分方法比依靠相似度要更加准确。此外,如果在推断的过程中添加了外群物种,分群的精度有望进一步提升[1]。

OrthoFinder 工作流程

  1. 调用 DIAMOND 对输入序列进行 all-vs-all 序列比对。diamond搜索速度快,非常适用于大量基因的相似度比对。
  2. 使用 MCL(Markov Cluster Algorithm) 算法根据比对结果进行聚类,得到直系同源组(orthogroup)。其中每个 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Orthogroup_Sequences 文件夹中,单拷贝 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Single_Copy_Orthologue_Sequences 文件夹中,orthogroup 的统计信息存放在 Comparative_Genomics_Statistics、Orthogroups 文件夹中。
  3. 使用 FastMe 对每个 orthogroup构建无根基因树(gene tree)。
  4. 使用 STAG(Species Tree Inference from All Genes) 根据刚刚划分好的包含所有物种的orthogroups中的同源基因推断无根物种树(species tree),此处会综合考虑每一棵OG内基因构建的基因树,汇总成为最终的物种树。通过参数 -M dendroblast 或 -M msa,OrthoFinder 可以调用 STAG 中两种构建物种树的方法:DendroBLAST 和 CMSA(Concatenated Multiple Sequence Alignment,联合多序列比对)。
  5. 使用 STRIDE(Species Tree Root Inference from Gene Duplication Events) 通过基因复制事件的不可逆性为无根物种树、无根基因树赋根,得到有根物种树、有根基因树、基因间的直系同源关系、基因复制事件。结果存放在文件夹 Species_Tree、Gene_Tree、Orthologues、Gene_Duplication_Events、Comparative_Genomics_Statistics 中。

1.创建环境并安装orthofinder

conda create -n ogsfinder python=3.9.15 #太高版本的python,例如3.11在后面会报错。
conda activate ogsfinder
conda install -c bioconda orthofinder diamond=2.1.8 #错误的diamond版本会报错。

2.运行orthofinder寻找直系同源基因

将待寻找OGs的多个蛋白质组文件存放于ExampleData文件夹,运行orthofinder命令。指定运行占用20个cpu(默认使用16个cpu)。此处添加参数-M msa会进行bootstrap检验,最终看到的物种数是具有bootstrap值的。

orthofinder -f ExampleData -S diamond -t 20 -M msa

#-t 并行序列搜索线程数(默认= 16)
#-a 并行分析线程数(默认值= 1)
#-M 基因树推断方法。可选:dendroblast和msa(默认= dendroblast)推荐msa,可执行带有bootstrape的建树
#-S 序列搜索程序(默认= blast)选项:blast,mmseqs,,blast_gz,diamond(推荐使用diamond,比对速度很给力)
#-A 多序列联配方式,需要添加参数-M msa时才有效;(默认= mafft)可选择:muscle,mafft
#-T 建树方法,需要添加参数-M msa时才有效,(默认 = fasttree)可选:iqtree,raxml-ng,fasttree,raxml(推荐)

但是如需在构建物种树里加入bootstrape值则需要进入程序的config.json文件修改对应建树软件的e值或者新增-b 1000/-bb 1000。
运行结束后会在ExampleData目录下生成新的目录OrthoFinder


参考信息:

  1. Github OrthoFinder https://github.com/davidemms/OrthoFinder#getting-started-with-orthofinder
  2. orthofinder安装及使用教程 https://www.jianshu.com/p/3bcd965605f5

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