学习3笔记--谢勇飞

linux环境下的软件的初步安装

1.检查是否有bzip2解压软件，如果有，跳过，没有输入以下命令

(base) mrxie@lxie:~$ bzip2
bzip2: I won't write compressed data to a terminal.
bzip2: For help, type: `bzip2 --help'.

2.安装成功后，安装miniconda

miniconda最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装，还不了解，希望以后能多了解一下miniconda的使用

优秀的conda.png

安装过程

一般情况不在主目录做，mkdir 新建文件，cd 进入文件夹

• 下载miniconda
  搜索miniconda英文网址，下载linux版本，python 3.6,右键复制链接网址

wget -空格- 你的网址

• 安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
斜体部分可能会随着文件名更改，记得查文件名

bash 安装过程中，enter or yes直到安装完成，出现下图

linux-centos.png

这是linux-centos的，反正我的ubuntu 19.04最后是不太一样的，选择yes就行
之后安装成功

• 激活

source ~/.bashrc 这个命令进行激活

我之前并不理解这个source 的意思，但是经过安装gromacs才知道是使当前shell读入路径为filepath的shell文件并依次执行文件中的所有语句，通常用于重新执行刚修改的初始化文件，使之立即生效，而不必注销并重新登陆。

• 把下面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车

使用清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

3.使用miniconda

• 检查condalist

conda list
conda search fastqc

• 安装fasta qc

conda install fastqc -y 加上-y是自动安装

• 卸载软件

conda remove fastaqc -y

4.conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”

• 先查看当前conda有哪些环境

(base) mrxie@lxie:~$ conda info --envs
conda environments:

base * /home/mrxie/miniconda3

*代表默认的的环境

• 如果要处理不同项目,新建conda环境

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

新建RNA-SEQ环境,指定python=3,安装fastaqc和trimmomatic

• 再次检查conda环境,结果应该还是base环境

conda info --envs

• 激活新的conda环境

conda or source activate rna-seq
conda info --envs(查看默认环境)

• 卸载环境中的某个软件

conda remove -n rna-seq fastqc -y

• 卸载全部软件,需先退出环境

conda deactivate

• 卸载一个环境

conda remove -n rna-seq --all