【R绘图】如何在图上显示显著性和p-value？

以鸢尾花数据集为例，展示如何在R上绘制出显著度和p-value。

加载数据集 & 理解数据集

data(iris)
names(iris)
# [1] "Sepal.Length" "Sepal.Width"  "Petal.Length" "Petal.Width"  "Species"

分析得到，该数据集总共有5个变量，

• 4个数值型变量：Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length, Petal.Width

• 1个字符串类型的变量：Species

对分类变量的水平进行查看，得到其总共由3个水平组成：

unique(iris$Species)
# [1] setosa     versicolor virginica 
# Levels: setosa versicolor virginica

绘制箱线图 & 绘制显著度

选择Sepal.Length，进行setosa、versicolor、virginica 3者之间的显著性检验。

• 使用R包：ggplot2，ggpubr

• 以Wilkson秩和检验为例

library(ggplot2)
library(ggpubr)

p_sepallength <- ggplot(data = iris, aes(x = Species, y = Sepal.Length)) + 
  geom_boxplot(width=0.2, lwd = 1, outlier.size = 3, outlier.alpha = 0.3) + 
  theme_classic() +
  geom_signif(comparisons = list(c("setosa", "versicolor"),
                                 c("setosa", "versicolor"),
                                 c("versicolor", "virginica")),
              map_signif_level=FALSE,
              textsize=5,
              test=wilcox.test,
              step_increase=0.2,
              size = 1) + 
  theme(axis.line = element_line(size = 0.5),
        axis.ticks = element_line(size = 1),
        axis.text = element_text(size = 16),
        axis.title = element_text(size = 16))

p_sepallength
# ggsave('2022-6-17-iris-significance-test.png', p_sepallength, width = 6, height = 6, dpi = 600)

结果图1：

结果图2（将p-value改为显著度标识）：

将上述代码中的map_signif_level=FALSE改为map_signif_level=TRUE