vcf文件提取SNP位点

测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：
vcftools安装及基础用法 - (jianshu.com)

1.准备SNP位点list

首先将需要提取的SNP位点的ID整理在一个文本文件中，一个ID一行。这里要注意ID和vcf文件中的ID要一致，Chr_1；chr_1还是只有数字编号1：

$ cd /your/path/vcftools
$ vim snp.id
Chr1__272173254
Chr10__132755179
Chr11__187947859
Chr12__233234905
Chr14__135335406

2.拆分SNP

 $ vcftools --vcf root.id.vcf --snps snp.id --recode --out sig.snp

• --vcf：VCF文件全称
• --snps：SNP的id列表
• --out：输出vcf文件前缀

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