学习小组Day3Linux环境下软件安装-Ywen

Linux环境下的软件安装

conda

conda相当于是Linux的应用商店，日常生信使用小而精的miniconda就可以。

下载

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”

百度搜索miniconda清华

点开链接

下载

• 查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a
• 安装最新版本（latest）
• 右键-复制下载链接
• 登陆服务器，进入biosoft目录
• wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（下载链接）

安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
看到“Do you accept the license terms? [yes|no]”说明安装要开始了

激活

source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了

添加镜像

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

1. 查看服务器上安装的软件列表
conda list
2. 安装软件 conda install fastqc -y 【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes，不加y就需要输入yes】
3. 确认是否安装成功，输入fastqc -help，出现帮助文档，说明安装成功
4. 卸载软件
conda remove fastqc -y

conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
按照项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

1.查看当前conda都有什么环境

conda info --envs
前面带*是默认的环境

2.创建环境，安装软件

比如我们要处理转录组数据，先建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3.创建完之后，再次查看环境
conda info --envs
多了一个rna-seq，但是默认还是base
4. 激活新的conda环境
conda activate rna-seq
可以输入fastqc看看，如果出现帮助信息，说明可以使用了
5.退出conda
conda deactivate