生信常用数据库（二）：NT数据库和NR数据库搭建

前言

    NR和NT数据库是做序列比对经常用到的数据库，小编接下来带你在本地集群上搭建这两个数据库

下载

下载链接： Index of /blast/db/FASTA

    这两个数据库一直在不断地更新，数据也越来越大，截止2020-10-21，这两数据库压缩包一个82G，一个81G，想要通过网页下载比较困难，所以推荐使用下载工具aspera，使用教程可参考小编的另一个博客 NCBI数据下载工具：aspera的安装与使用 -

    使用以下命令下载：

cd /database/NR

ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh  -QTr -l500m  [email protected]:/blast/db/FASTA/nr.gz ./     #NR

cd /database/NT

ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh  -QTr -l500m  [email protected]:/blast/db/FASTA/nt.gz ./       #NT

安装使用：

    这两个数据库下载下来后进行解压，解压完后建立blast的索引即可进行使用，在建立索引之前需要将blast软件bin文件添加到环境变量~/.bashrc中

gunzip -c nr.gz >nr.fa  #解压

makeblastdb -in nr.fa -dbtype prot  #makeblastdb 已添加环境变量

gunzip -c nt.gz >nt.fa   #解压

makeblastdb -in nt.fa -dbtype  nucl  #nt为核酸序列，-dbtype 为nucl

    此时该数据库可以直接使用，以NR数据库进行blastp为例

blastp -num_threads 8 -max_target_seqs 1 -evalue 1e-4 -outfmt '6 qseqid qlen qstart qend sseqid slen sstart send pident ppos qcovs bitscore evalue' -db /database/NR/nr.fa.00 -query test.fa -out test.fa.blast

数据库官方参考：https://www.biostars.org/p/235632/