【生信知识】---Nanopore测序分析软件nanopolish

前言：nanopolish是开源的综合性分析软件，集成了非常多的三代测序数据分析小工具。

1.软件安装：
通过Github源码安装：

git clone --recursive https://github.com/jts/nanopolish.git
cd nanopolish
make

或者，通过conda安装：

conda install nanopolish

2.主要功能：

call-methylation：识别甲基化信号
eventalign：序列比对
extract：碱基识别
index：建立索引
phase-reads：相位分析，定位序列来自二倍体父本还是母本
polya：估计RNA直接测序polyA尾巴长度
variants：检测SNP等突变
vcf2fasta：生成一致性序列
3.使用方法
首先，下载测试数据

wget http://s3.climb.ac.uk/nanopolish_tutorial/methylation_example.tar.gz
tar -xvf methylation_example.tar.gz
cd methylation_example

构建索引

nanopolish index -d fast5_files/ output.fastq

与参考基因组比对

minimap2 -a -x map-ont reference.fasta output.fastq | samtools sort -T tmp -o output.sorted.bam
samtools index output.sorted.bam

利用nanopolish检测甲基化位点

nanopolish call-methylation -t 8 -r output.fastq -b output.sorted.bam -g reference.fasta -w "chr20:5,000,000-10,000,000" > methylation_calls.tsv

对结果进行过滤

scripts/calculate_methylation_frequency.py methylation_calls.tsv > methylation_frequency.tsv

参考链接：
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MjA1MDQxMg==&mid=2649710162&idx=1&sn=643885c153a3de63fcfe99aefddab9d9&chksm=f24af951c53d7047321a793a111086161c8f9e7d5f4c109082c22b90ba94c29cdb7eeb230a7d&scene=21#wechat_redirect