在线作图丨微生物分析——alpha多样性指数分析

今天小编给大家分享的是alpha多样性指数分析的干货~!

Question 1：什么是alpha多样性指数分析？
alpha多样性分析是微生物多样性分析中一个重要的组成部分，它主要关注局域均匀生境下的物种的多样性程度，对某个样品或多个样品进行物种丰度（Richness）和群落中个体分配的均匀度（Eveness）两个方面的研究。alpha多样性指数主要包括：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、Richness、goods_coverage、Pielou、invsimpson等等。

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Question 2：alpha多样性指数的含义？
①　Richness-物种丰度；
②　Ace指数-评估群落中OTU数目；
③　Chao指数-用chao1算法估计样品中所含OTU数目；
④　Shannon指数-估算样品中微生物多样性；
⑤　Simpson指数-估算样品中微生物多样性；
⑥　Pielou指数-估算均匀度；
⑦　goods_coverage指数-评估测序结果是否代表样本中微生物的真实情况；
⑧　invsimpson指数-相对于simpson指数，同样可以评估物种多样性水平的均匀的群落丰度；

Question 3：如何不使用R实现alpha多样性分析？
云图图（https://www.cloudtutu.com/#/index，免费的哦~），操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，无需注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部分析）里找到alpha多样性分析，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作，即可在2分钟内获得alpha指数表以及箱线图的可视化图片
话不多说，我们开始行动吧~

step 1 上传数据
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵（形式参照示例数据，如微生物物种丰度表等）；
b)表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU、ASV等;
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

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step 2 参数设置
3.1在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)

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3.2筛选显示种类：按需自行选择要用的样本进行作图。（如无需要可以不填）
3.3绘图类型选择：图形填充颜色选择
3.4 横纵向选择：图形横向或纵向设置

step 3 下载文件
点击“运行”开始作图，点击“下载”保存PDF格式的矢量图或者多样性指数表格。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

step 4 作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

step 5 写作建议
XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.