Day3—小辛

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miniconda 清华（是清华的conda镜像网站）

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找到Miniconda

找到图中网址并进入

找到Miniconda

选择Miniconda

选择后—鼠标右键—复制链接地址

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果安装失败，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

选择Miniconda

复制到Linux中

有关命令：

• cd ~/目录名 #打开目录，可以使用Tab键查找目录
• wget 刚才复制的链接地址 #从网络下载一个文件并保存在当前目录

安装Miniconda

有关命令：

• bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

开始安装—遇到版权信息—回车跳过，
程序让你enter就enter，让你yes就yes

激活

有关命令：

• source ~/.bashrc #激活conda

使用清华镜像

• 前期准备

使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

前期准备

查看当前的所有软件列表

有关命令：

• conda list

  
  
  查看当前的所有软件列表

搜索软件

以fastqc（数据质控软件）为例

有关命令：

• conda search fastqc

  
  
  搜索软件

安装软件

有关命令：

• conda install fastqc -y #(加上-y是自动安装)

  
  
  安装软件

卸载软件

有关命令：

• conda remove fastqc -y

  
  
  卸载软件

---

conda 环境

conda environment：根据不同的项目对应需求不同软件，定制不同的分身，彼此独立，互不干扰

查看当前conda有哪些环境

有关命令：

• conda info --envs

我先查看了目录内容

建立conda环境，指定版本，安装软件

有关命令：

• conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

  
  

再次查看conda环境

有关命令：

• conda info --envs

  
  

激活环境

有关命令：

• conda activate rna-seq