高通量药物筛选对Rhabdoid tumors

文章是: High-Throughput Drug Screening Identifies Pazopanib and Clofilium Tosylate as Promising Treatments for Malignant Rhabdoid Tumors

细胞系背景知识

重点关注Rhabdoid tumors (RTs) ，所以挑选了两种细胞系：

SMARCB1-positive cell lines，包括 I2A 和 (I2A + SMARCB1)
SMARCB1-negative cell lines (G401 and G402)

有意思的是 pazopanib 这个药物在这两个细胞系表现有统计学显著的区别。

还引入了另外5个人类Rhabdoid tumors (RTs) 细胞系：

KD (Versteege et al., 1998)
2004 (Versteege et al., 1998)
DEV (Giraudon et al., 1993)
Wa2 (Handgretinger et al., 1990)
LM (Versteege et al., 1998).

还有4个细胞系作为对照：

A673 (Ewing sarcoma)
DAOY (medulloblastoma)
A549 (SMARCA4-deficient lung carcinoma; obtained from the ATCC [CRL-1598, HTB-186, and CCL-185, respectively])
SK-N-BE(2)C (neuroblastoma) (Barnes et al., 1981).

药物筛选背景知识

药物筛选用384孔板，共纳入了1200种FDA批准的药物，以DAPI染色来判断药效。这1200种药物可以买到：Prestwick Chemical Library V2 (Prestwick Chemical), a collection of 1,200 off-patent drugs already approved by the FDA

重点挑选那些能显著抑制SMARCB1缺陷型细胞系生长的药物。

计算了药物的 robust Z [RZ] score 来作为评价标准。(初筛)

总共挑选了10个药物

1. compounds showing a RZ score <−5 in at least one RT cell line (I2A or G401 cells) and showing no activity in I2A+ cells (RZ score >−2), which comprised 5 drugs (5-fluorouracil, luteolin, rimexolone, amethopterin [R,S], and methotrexate);
(2) compounds with some weak activity in I2A+ cells (−5 < RZ score <−2) and showing a strong effect in at least one RT cell line (RZ score <−10) and a differential between I2A+ and I2A exceeding 2, leading to the selection of an additional 5 compounds (CfT, podophyllotoxin, ciclopirox ethanolamine, thioguanosine, and vatalanib).

详情如表格：Table 1. RZ Scores ，当然因为这些药物有希望，所以就又测了48小时的药物处理IC50 (μM)

只有6个药物满足在两个SMARCB1缺陷型细胞系都表现 (IC50) <10 μM ，其中四个都是anti-mitotic类别的，所以抛弃。

最后剩下的，值得期待的药物是：

one antiarrhythmic agent (clofilium tosylate [CfT])
broad TKi’s such as vatalanib, ponatinib, and pazopanib

其中CfT是potassium channel 的抑制剂

对于TKi’s药物，挑选了9个FDA批准的药物比较发现pazopanib最显著，后面的研究就替换掉了 vatalanib。

药物机制研究

因为TKi’s药物就是作用于 tyrosine kinase receptors (RTKs) ，所以作者用现成的商业的试剂盒： Proteome Profiler human phospho-RTK array 来探索 I2A, DEV, G401, and KD 这4种细胞系的 49个 RTKs的磷酸化情况。发现只有其中2个在药物pazopanib处理前后有区别：

首先是 platelet-derived growth factor receptors(PDGFRs) :
然后是 fibroblast growth factor receptor 2 (FGFR2)

还有Pazopanib和CfT的联合用药的体外细胞系实验。

表达芯片及RNA-Seq数据

在两个细胞系 (DEV and G401 ) 处理CfT 前后测转录组表达数据，共4*3=12个样本。

在I2A SMARCB1-def细胞系添加SMARCB1处理的时间序列，共(0,2,4,7,14day)*3=15个样本。

数据公布在GEO: GSE98277 : GSE102467

I2A microarray gene expression data
CfT-treated G401 and DEV RNA-seq data

事实上，这个芯片数据作者并没有细致的分析。

而转录组数据呢，也仅仅是找了差异，然后根据阈值筛选到有统计学显著的差异基因做GO富集看看而已。

当然，也可能是我没有仔细去看补充材料。

PDX模型验证

制作了两个PDX模型：

RT-001-HAM (liver tumor; Nicolle et al., 2016)
IC-pPDX-6 (soft tissue; Curie Institute).

pazopanib showed actual growth delay on two extra-cranial RT PDXs as a single agent.

（文章转自jimmy的2018年阅读文献笔记）

生信基础知识大全系列：生信基础知识100讲
史上最强的生信自学环境准备课来啦！！ 7次改版，11节课程，14K的讲稿，30个夜晚打磨，100页PPT的课程。
如果需要组装自己的服务器；代办生物信息学服务器
如果需要帮忙下载海外数据(GEO/TCGA/GTEx等等)，点我？
如果需要线下辅导及培训，看招学徒
如果需要个人电脑：个人计算机推荐
如果需要置办生物信息学书籍，看：生信人必备书单
如果需要实习岗位：实习职位发布
如果需要售后：点我
如果需要入门资料大全：点我

第06周-高通量药物筛选对Rhabdoid tumors