2022-11-18 conda的安装与学习（持续更新）

安装

1、获取

wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

image

2、同意licnese

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

image

** 3. 安装 （Enter , yes） **

** 完成安装**

image

4.运行

source ~/.bashrc

配置

1.创建频道

下载conda —— 下单了一台电视机

**安装conda —— 安装好了电视机 **

配置 conda频道 —— 搜索电视机频道

清华镜像:

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes

添加好的频道写到哪儿去了呢？

cat ~/.condarc

** 如何查看已经添加的频道？**

conda config --get channels

** 2.创建独立环境**

为什么要创建独立的环境？全装在base里不好吗？

a. conda会改变你原来设置好的环境

b. 不同的软件的依赖会相互冲突

c. 方便项目管理（基因组，转录组，Chip-seq不同的课题可创建一个不同的环境）

所以，建议大家base环境里最好不要装任何包，除非你知道这个包会对你原生环境造成影响。

如何创建环境？

conda create -n rngwas #创建一个名为gwas的conda小环境，-n：指定环境名称

conda activate rngwas #启动rngwas这个小环境

conda deactivate #退出

conda env list 或 conda info --env #列出已存在的小环境

conda remove -n regwas --all #all代表除了这个环境之外，里面的包都要全部删掉

重命名一个小环境

conda create -n Python2 #OS：每次都要写Python2好麻烦啊！

conda remove -n py2 --clone Python2 #OS：这次命名一个短一点的、不用大小写切换的

conda remove -n Python2 --all #OS:删掉原本

image

个人问题总结

在这个步骤的下一步由于打错字，造成错误，无法运行

image

使用-u 即可

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh-u

image

删除频道

查找channels有哪些

cat ~/.condarc

在linux中使用vim编辑文件时，很常见的一个问题，若没有正确定的退出编辑，系统会生成一个隐藏文件..swp，此时若再次进入编辑，都会提示错误If you did this already, delete the swap file "..swp"，若要想再次正确编辑文件，必须先删除..swp文件。**

rm ..swp**

vim ~/.condarc #vim进入删除界面——condarc是所配置的频道

image

image

直接将光标移动到要删除的频道前，然后按2下dd，即可删掉某个频道。编辑

然后直接:wq 保存退出

2022.11.19遇到软件安装的问题

图片.png

网络较慢，换个时间试试
或者换个镜像试试（以下3个镜像【不要用清华镜像】选择一个即可），先删除 ~/.condarc：

# 下面四行配置北京外国语大学的conda的channel地址
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes 

# 下面配置阿里云的conda的channel地址
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/msys2
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/r
conda config --set show_channel_urls yes

配置好镜像之后，清空一下环境中的缓存：

conda clean -i 

如果还是不行，试试把 ~/.condarc 中的 https 改成 http
或者删除conda后重新下载一个
如果是出现下面截图报错，则 删除掉 .condarc 中的 defaults

图片.png